Missions

L'objective du présent projet est de retracer l’histoire évolutive et comparative des canaux de translocations au sein de la mitochondrie (TOM/TIM pour translocases de la membrane externe/interne de la mitochondrie) et du chloroplaste (TOC/TIC, pour translocases de la membrane externe/interne du chloroplaste) au travers desquels les protéines sont importées au sein de ces organites ; ainsi que des systèmes de translocations bactériens impliqués dans la résistance aux AMP.
Dans cette perspective évolutive, elle/il revisitera l'évolution du cycle de Calvin-Benson (CBC) vers une augmentation de son activité de fixation du CO2. À cette fin, le candidat déduira les séquences ancestrales des enzymes du CBC, afin que les expérimentateurs conçoivent des souches de deux organismes modèles portant ces séquences ancestrales, qui subiront une évolution dirigée et seront sélectionnées pour leur aptitude accrue. Il/elle analysera également les trajectoires mutationnelles des souches évoluées.

Activités

- Réaliser une bibliographie exhaustive des complexes TIC/TOC, TOM/TIM et des translocons bactériens impliqués dans la résistance aux peptides antimicrobiens.
- Retracer l’histoire évolutive et comparative de ces trois systèmes protéiques
- Effectuer des analyses phylogénétiques sur les enzymes du CBC
- Analyser l’évolution de la structure des génomes d’une population de microalgues au cours d’une expérience d’évolution expérimentale
- Encadrement de stagiaires de M2 possibles

Compétences

Savoirs/Connaissances :
- Connaissances générales en bioinformatique
- Connaissance approfondie en génomique comparative et évolution des génomes
- Connaissances approfondies en analyse de données NGS
- Connaissances en biologie évolutive
- Maîtrise de l’anglais scientifique (lecture et rédaction)
- Connaissances de base en génétique
Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre les protocoles expérimentaux
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
- Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
- Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
- Sens de l'organisation.
- Aptitude à travailler en équipe

Contexte de travail

Le travail sera mené au sein du laboratoire d’accueil UMR7141 “Photobiologie et Physiologie des Plastes et des Micro-algues”, dirigé par Dr. Angela Falciatore à l’Institut de Biologie-Physico-chimique à Paris (http://www.ibpc.fr/UMR7141/en/home/). Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 30 personnes dont 19 membres statutaires. Il aborde des questions clés sur la biologie, l’évolution et l’écologie des micro-algues en se concentrant sur différentes espèces modèles (p. ex. Chlamydomonas reinhardtii et Phaeodactylum tricornutum) et sur des espèces phytoplanctoniques d’importance écologique, étudiés avec des approches écophysiologiques, biophysiques, biochimiques, génomiques et génétiques. Le projet se fera sous la direction d'Ingrid Lafontaine.