Missions

Nous cherchons un(e) collaborateur(trice) ingénieur(e) d'étude ayant des connaissances dans -et un intérêt marqué pour- les domaines de la biologie du phytoplancton, de la photosynthèse, de la biophysique, de la microfluidique et/ou un intérêt pour l'instrumentation scientifique. Le projet est financé pour étudier les interactions biotiques et abiotiques entre les microalgues marines, à travers le prisme de la photosynthèse. L'ingénieur(e) sera impliqué(e) dans un projet européen (BlueRemediomics). Une des originalités du projet consiste dans le développement et l'utilisation de méthodologies utilisant des approches en cellule unique (fluorométrie en cellule unique, microfluidique). Le projet sera effectué à cheval entre le laboratoire de "Biologie du chloroplaste et perception de la lumière chez les microalgues" (UMR7141 CNRS/Sorbonne Université, http://www.ibpc.fr/UMR7141) dirigé par Angela Falciatore et le Laboratoire Interdisciplinaire des Energies de Demain (LIED, UMR8236). L'UMR 7141 étudie les processus induits par la lumière (photosynthèse et photoperception) et la biologie des chloroplastes. L'équipe de Catherine Villard, au LIED, développe des outils microfluiques pour étudier l'influence du microenvironnement physico-chimique sur la physiologie cellulaire. Le/la ingénieur(e) d'étude sera impliqué(e) dans un projet visant à étudier la compétition biotique entre espèces du phytoplancton.

Activités

Dans l'océan, la répartition et la dynamique des assemblages phytoplanctoniques dépendent de facteurs abiotiques (e.g. turbulence, température, polluants, lumière) mais aussi d'interactions biotiques (e.g. allélopathie, compétition pour les nutriments, infections virales). L'étude des réponses des microalgues marines à leur exposome se heurte à plusieurs freins méthodologiques qui limitent notre compréhension de l'écophysiologie marine. On peut citer les difficultés à évaluer l'hétérogénéité de réponse au sein d'une population mono-espèce ou à déconvoluer les réponses entre espèces au sein d'un mélange. L'étude des réponses aux stress multiples reste rare même s'il est désormais établi que les stress abiotiques influent sur les interactions biotiques. Dans ce projet, nous utiliserons la photosynthèse comme une sonde non invasive, sensible et sélective des différents stress biotiques et abiotiques que rencontrent les microalgues marines. Grâce au développement d'outils microfluidiques, nous utiliserons ces "signatures photosynthétiques" pour identifier l'effet d'un seul ou de plusieurs stress à l'échelle de la cellule unique et étudier ainsi l'hétérogénéité de réponse au sein d'une population (mono- ou multi-espèces), permettant un diagnostic in vivo, sensible et sélectif, des réponses des microalgues à leur exposome. Dans un premier temps, nous utiliserons cette approche pour investiguer l'hétérogénéité de réponses de la diatomée Thalassiosira pseudonana aux produits allélochimiques issus du dinoflagellé Amphidinium carterae. Nous étudierons ensuite comment des stress abiotiques (stress mécanique, carences nutritives) influent sur cette interaction allélopathique. L'objectif à long terme est d'étendre cette approche novatrice à des mélanges plus complexes (multi-espèces), d'autres interactions biotiques (comme les infections virales) et à des expériences sur le terrain. Le projet combinera du développement d'instrumentation ainsi que du développement méthodologique. Le(la) candidat(e) devra : - contribuer à la conception du projet, - développer l'instrumentation adaptée - en développer les méthodologies, - réaliser les expériences (preuve de concept), - analyser et communiquer les données, - exercer une veille technologique.

Compétences

Nous recherchons un.e collaborateur/trice titulaire d'un M2 en biologie, physique ou ingénierie, très motivé(e) et capable de travailler dans une équipe multidisciplinaire sur des questions biologiques complexes. Vous avez des connaissances dans au moins deux des domaines pertinents à l'appel : les microalgues, la photosynthèse et la microfluidique.
Les candidat(e)s doivent faire preuve d'une première expérience dans les techniques de biophysique appliquée à la photosynthèse, dans la culture des microalgues et/ou dans les techniques de microfluidique.
Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre des protocoles expérimentaux,
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, présentations orales).
Savoir-être
- Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail,
- Sens de l'organisation,
- Aptitude à travailler en équipe

Contexte de travail

L'Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC), créé en 1930 par la Fondation Edmond de Rothschild, se consacre aux recherches multidisciplinaires dans tous les domaines de la biologie. Les bases structurelles, génétiques et physico-chimiques des organismes vivants sont explorées à différents niveaux d'intégration, de la molécule à l'organisme entier. Le(la) IE récruté(e) intégrera le laboratoire de "Biologie du chloroplaste et perception de la lumière chez les microalgues" (UMR7141) dirigé par Angela Falciatore. Il comporte une vingtaine de membres permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et administratifs) et une quinzaine de collaborateurs temporaires, doctorants et post-doctorants. Ce laboratoire, dédié à l'étude des processus induits par la lumière (photosynthèse et photoperception) et de la biologie du chloroplaste, aborde des questions clés sur la biologie, l'évolution et l'écologie des microalgues d'importance écologique, étudiées par des approches écophysiologiques, biophysiques, biochimiques, génomiques et génétiques. Les études tournent essentiellement autour d'd'organismes modèles comme par exemple l'algue verte Chlamydomonas reinhardtii, la diatomée Phaeodactylum tricornutum ou le dinoflagellé Amphidinium carterae.
Le Laboratoire Interdisciplinaire des Energies de Demain (LIED) créé en 2013 au sein de l'Université Paris Cité a pour objectif fondateur de développer « l'écologie des énergies », en menant des recherches guidées par les problèmes à résoudre dans le cadre de la transition énergétique et du réchauffement climatique. Il répond à la nécessité d'une approche interdisciplinaire des problèmes posés, en fédérant les des secteurs Sciences naturelles (Biologie, Chimie, Informatique, Mathématiques, Physique, Sciences de l'Ingénieur, Sciences de la Terre) et Sciences Humaines et Sociales (Anthropologie, Economie, Géographie, Histoire, Philosophie, Ecologie, Sciences politiques, Sociologie). Le LIED est actuellement structuré en plusieurs piliers thématiques, avec pour la partie biologie des recherches portant sur les plantes, les réseaux mycéliens ainsi que sur des problématiques de santé humaine (cancer, infectiologie) et environnementale (remédiation des sols). Le LIED comporte une trentaine de membres permanents et une vingtaine de membres non-permanents.

Contraintes et risques

Aucune

Informations complémentaires

Le contrat est financé par le projet européen Horizon Europe (BlueRemediomics) lancé en décembre 2022. ce projet a pour objectif de valoriser le potentiel inexploité des ressources microbiennes marines. Le microbiome marin est l'un des segments de la bioéconomie bleue qui connaît la croissance la plus rapide et ce projet vise à permettre de développer de nouveaux outils et de nouvelles approches pour explorer les données du microbiome marin.

Le dossier de candidature est à rédiger en français ou en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/. Il doit comporter un CV détaillé, au minimum une lettre de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme.
Le poste est conçu comme une première expérience longue (CDD d'IE de 12 mois) dans un laboratoire de recherche, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des deux laboratoires partenaires (UMR7141 et LIED). Le projet pourra être poursuivi par un doctorat, soit par le biais d'une présentation aux concours des Ecoles doctorales, soit, si possible, grâce à un financement sur contrat (des demandes de financement pour une thèse seront déposés).

Étape 1. Les candidatures de chaque candidat(e) éligible seront évaluées par le comité de sélection, composé de A. Falciatore, B. Bailleul et S. Eberhard pour l'UMR7141 et C. Villard pour le LIED. Une importance particulière sera donnée à leur motivation pour le sujet proposé, leur excellence académique et leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer. Un élément majeur de l'évaluation tiendra dans l'adéquation entre le profil de poste affiché, i.e. microalgues, photosynthèse et microfluidique et les compétences des candidat(e)s

Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien en présentiel ou en vidéo avec le comité de sélection durant lequel il(s)/elle(s) seront convié(e)s à faire une courte présentation de leurs études et leurs activités de recherche passées et à engager une discussion autour du projet proposé.

Étape 3. Le/la candidat(e) retenue commencera son CDD d'IE de 12 mois dès la finalisation du recrutement (au mieux, dès le 1er novembre 2023).