Missions

L'Assistant ingénieur (H/F) travaille sous la responsabilité de la responsable de la PIQv pour réaliser la préparation des échantillons, l'acquisition et le traitement des images de plancton. La personne sélectionnée soutiendra des tâches du projet BIOcean5D.

Activités

Activités principales :
- Assurer la cohérence des metadata des prélèvements et la qualité des analyses
- Analyser des échantillons de plancton par imagerie (IFCB/Flowcam/Zooscan)
- Identifier des images de plancton et de particules issues des instruments IFCB/Flowcam/Zooscan/UVP sur l'application web Ecotaxa
- Rédiger les conventions d’analyses avec les chefs scientifiques des projets analysés par la PIQv
- Réaliser à la maintenance des petits équipements de la PIQv et CCPv
- Encadrer techniquement les personnels (étudiants, stagiaires) à la PIQv
- Rédiger les comptes rendus d’analyses et les rapports qualité pour les chefs scientifiques des projets analysés par la PIQv

Autres activités :
- Participer occasionnellement aux campagnes en mer

Compétences

Connaissances transversales requises :
- Connaissance des techniques de laboratoire et en particulier d’imagerie quantitative
- Capacité à établir des protocoles et spécifications, développer des méthodes
- Compétences approfondies pour l’utilisation des outils informatiques du domaine d’activité, outils de classification, d’inventaire, de gestion des tâches
- Connaissance de la taxonomie du plancton (phyto- et zooplancton)

Savoir-faire :
- Travail de laboratoire sur paillasse avec produits chimiques de type CMR
- Réaliser ou adapter des modes opératoires
- Suivi des règles H&S

Savoir-être :
- Minutie
- Initiative, autonomie et responsabilité
- Sens de l’organisation
- Savoir rendre compte

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV ; http://lov.obs-vlfr.fr/) est situé près de Nice, sur la Côte d'Azur, dans l'une des trois stations marines de Sorbonne Université. Avec environ 90 employés, le LOV génère et analyse une grande quantité de données marines, notamment des données d'imagerie, génomiques et satellitaires, pour étudier l'océan.

L'équipe COMPLEx (COMPutational PLAnkton Ecology) compte une trentaine de membres qui étudient le plancton marin en collectant des données avec des instruments d'imagerie quantitative et de la génomique à haut débit, qui viennent alimenter des méthodes d'analyse numérique (modélisation, statistiques, apprentissage automatique). Le plancton englobe tous les organismes dérivant avec les courants marins. Ces organismes produisent une partie de l'oxygène que nous respirons, stockent le carbone que nous émettons, nourrissent les poissons que nous mangeons ; le plancton est donc un élément constitutif majeur de l'écosystème terrestre. COMPLEx interagit fortement avec la Plateforme d'Imagerie Quantitative de Villefranche (PIQv ; https://sites.google.com/view/piqv), qui supervise l’opération des outils que l'équipe développe. Ces outils incluent des capteurs d'imagerie, tels que l’Underwater Vision Profiler (UVP) ou le ZooScan. L'UVP6 est notamment en cours d'intégration sur des plateformes autonomes (i.e. des robots sous-marins) qui permettent de collecter des données à une échelle sans précédent. Mais ces outils incluent également un nombre croissant de logiciels : ZooProcess et UVPapp pour traiter les données produites par les instruments, EcoTaxa (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/) qui utilise le machine learning pour aider les taxonomistes à trier de grandes quantités d’images de plancton (actuellement ~180 millions), EcoPart (https://ecopart.obs-vlfr.fr/) qui stocke et affiche les données collectées dans le monde entier par l'UVP (plus de 17,000 profils), etc. Nous avons une longue expérience d'interaction avec des informaticiens et des ingénieurs, dans le monde universitaire mais aussi dans le secteur privé, pour développer ces outils.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Travail de laboratoire sur paillasse avec produits chimiques de type CMR

Informations complémentaires

Durée de contrat : 12 mois, renouvelable.

Congés jusqu'à 55 jours par an.

Le laboratoire est situé à Villefranche sur mer et propose un accès direct à la rade de Villefranche