Missions

Le poste est centré sur la mission Tara Europa (https://fondationtaraocean.org/en/expedition/tara-europa/), qui échantillonne les côtes de l'Europe au cours des années 2023 et 2024. Les eaux côtières sont échantillonnées dans divers sites et les organismes planctoniques sont imagés à l'aide de différents instruments (IFCB, Flowcam et ZooScan), permettant ainsi d'accéder à un large spectre de tailles d'organismes (de 10 µm à plusieurs mm). De plus, un grand nombre d'autres variables sont échantillonnées (concernant la physique, la biogéochimie, etc.) ou collectées à partir de bases de données (imagerie satellitaire, etc.), offrant un contexte riche pour les observations planctoniques. Sur différents sites, des structures spécifiques à mésoéchelle sont ciblées et/ou des gradients côte-large sont échantillonnés. L'objectif général du post-doctorat est de relier certains aspects de la communauté planctonique aux processus de forçage environnementaux dans un environnement côtier complexe et dynamique. Cela peut inclure la composition générale, mais aussi la trophodynamique, la distribution des tailles, le taux de parasitisme ou de symbiose, etc., tous accessibles à partir des images. L'orientation spécifique du travail est délibérément laissée ouverte pour permettre au candidat sélectionné de poursuivre une ligne de recherche qui l'intéresse le plus et qui correspond à ses objectifs de carrière.
Le poste est ouvert pour une durée de 2 ans (à ajuster en fonction de l'expérience et du salaire).

Activités

- Assembler des jeux de données dans un format prêt pour l'analyse. Le candidat sera assisté dans cette tâche par le centre de données créé dans le cadre du projet et par un gestionnaire de données déjà recruté au sein du laboratoire.
- Définir une ou plusieurs questions de recherche précises et effectuer des analyses de données pour les explorer.
- Rédiger des articles scientifiques et faire des présentations scientifiques lors de conférences internationales.
- Participer aux réunions de projet ainsi qu'aux réunions de l'équipe et du laboratoire à Villefranche.

Compétences

Connaissances transversales requises :
- Doctorat en océanographie ou biologie marine
- Connaissances en écologie du plancton (et taxonomie de base), avec un focus particulier sur le phytoplancton

Savoir-faire :
- Capacité à gérer de grands jeux de données (de centaines de milliers à des millions de lignes) en utilisant un langage de programmation (par exemple R, Python, MATLAB)
- Bonne maîtrise des analyses descriptives multivariées (analyse en composantes principales, analyse factorielle)
- Connaissance de certaines analyses de régression (modèles linéaires généralisés, régression basée sur l'apprentissage automatique, analyse de redondance, etc.)
- Idéalement, connaissance pratique ou familiarité avec le traitement d'images numériques

Savoir-être :
- Goût pour le travail en équipe dans le cadre d'un grand projet international
- Bonnes compétences en communication

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV ; http://lov.obs-vlfr.fr/) est situé près de Nice, sur la Côte d'Azur, dans l'une des trois stations marines de Sorbonne Université. Avec environ 90 employés, le LOV génère et analyse une grande quantité de données marines, notamment des données d'imagerie, génomiques et satellitaires, pour étudier l'océan.

L'équipe COMPLEx (COMPutational PLAnkton Ecology) compte une quarantaine de membres qui étudient le plancton marin en collectant des données avec des instruments d'imagerie quantitative et de la génomique à haut débit, qui viennent alimenter des méthodes d'analyse numérique (modélisation, statistiques, apprentissage automatique). Le plancton englobe tous les organismes dérivant avec les courants marins. Ces organismes produisent une partie de l'oxygène que nous respirons, stockent le carbone que nous émettons, nourrissent les poissons que nous mangeons ; le plancton est donc un élément constitutif majeur de l'écosystème terrestre. COMPLEx interagit fortement avec la Plateforme d'Imagerie Quantitative de Villefranche (PIQv ; https://sites.google.com/view/piqv), qui supervise l’opération des outils que l'équipe développe. Ces outils incluent des capteurs d'imagerie, tels que l’Underwater Vision Profiler (UVP) ou le ZooScan, ainsi qu’un nombre croissant de logiciels pour le traitement et le contrôle qualité des données des instruments, le tri taxinomique d’images (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/) ou le stockage et la distribution de de données d’abondance de neige marine. L’équipe a une longue expérience d'interaction avec des ingénieurs et des informaticiens, dans le monde universitaire ou le secteur privé, pour développer ces outils.

La personne recrutée pour ce poste travaillera dans le cadre du projet européen BiOcean5D (https://biocean5d.org/), qui regroupe 30 partenaires de 11 pays pour étudier le continuum terre-mer le long des côtes de l'Europe. En particulier, ce travail sera réalisé dans le cadre du WP3 : “Data to knowledge: building a digital foundation to explore marine biodiversity.”


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Néant

Informations complémentaires

Congés payés jusqu'à 55 jours par an.
Le laboratoire est situé à Villefranche sur mer, près de Nice, et propose un accès direct à la rade de Villefranche.