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Ingénieur responsable du déploiement d'instruments d'imagerie quantitative du plancton (planktoscopes) et assurant leur utilisation et leur traitement de données (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 26 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur responsable du déploiement d'instruments d'imagerie quantitative du plancton (planktoscopes) et assurant leur utilisation et leur traitement de données (H/F)
Référence : UMR7093-MADWAL-015
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEFRANCHE SUR MER
Date de publication : vendredi 5 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2236,01 et 2358,76 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 6 - (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Missions

La personne recrutée travaillera notamment dans le cadre du projet BIOCEAN5D (EU-H2030) qui prévoit entre autres d'étudier les organismes planctoniques le long des côtes Européennes à l'aide de multiples moyens (e.g. campagnes à la Mer Tara Europa). Dans le cadre de ce projet, La construction et le déploiement d'une cinquantaine de kits frugaux de collecte d'échantillons, d'observation et d'imagerie quantitative (à l'aide de planktoscopes https://planktoscope.curious.bio/) sont prévus, avec comme but final de former des responsables locaux de ces instruments le long des côtes européennes afin qu'ils puissent les déployer dans le cadre de leurs suivis environnementaux de routine mais également à travers différentes initiatives citoyennes (e.g. aquaculture, plaisanciers etc.).

Les missions de la personne recrutée sera de (1) réceptionner les différents instruments afin d'en assurer un contrôle qualité initial, de les tester et les régler (2) participer à la sélection des partenaires identifiés comme futurs détenteurs des kits de collecte et de mesure du plancton, d'en assurer la formation, le suivi, et l'assistance dans la maintenance des instruments (3) de s'assurer que les instruments sont utilisés conformément aux attentes et que le flux de données arrivant aille jusqu'aux bases de données identifiées (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/), d'assister les utilisateurs dans le travail de validation taxonomique et dans une certaine mesure d'en valider une partie. (4) afin de participer au réseau de collecte mis en place, d'assurer dans une certaine mesure la collecte et le traitement des données obtenues à Villefranche sur Mer par les mêmes moyens.

Activités

Activités principales :
- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données
- Suivi d'un parc d'instruments d'imagerie
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Contribuer à la gestion des données issues de ces instruments et des résultats en découlant

Autres activités : Discussions avec les membres de l'équipe et ses partenaires scientifiques pour l'identification des besoins. Formations possibles dans le cadre de la formation permanente pour la montée en compétence sur les domaines du poste non-maîtrisés.

Compétences

Connaissances transversales requises :
- Capacité à suivre des protocoles
- Connaissances en imagerie et ou en taxonomie du plancton
- Capacité technique à opérer des instruments scientifiques
- Anglais scientifique et technique

Savoir-faire :
- Programmation informatique pour le traitement ou la gestion de données (Python, MATLAB ou R)
- Techniques de présentation écrite et orale, notamment pour la publication de résultats et la réalisation de protocoles

Savoir-être :
- Bonnes capacités relationnelles, facilité à aller vers les gens
- concision, organisation et efficacité dans le travail

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV ; http://lov.obs-vlfr.fr/) est situé près de Nice, sur la Côte d'Azur, dans l'une des trois stations marines de Sorbonne Université. Avec environ 90 employés, le LOV génère et analyse une grande quantité de données marines, notamment des données d'imagerie, génomiques et satellitaires, pour étudier l'océan.

L'équipe COMPLEx (COMPutational PLAnkton Ecology) compte une quarantaine de membres qui étudient le plancton marin en collectant des données avec des instruments d'imagerie quantitative et de la génomique à haut débit, qui viennent alimenter des méthodes d'analyse numérique (modélisation, statistiques, apprentissage automatique). Le plancton englobe tous les organismes dérivant avec les courants marins. Ces organismes produisent une partie de l'oxygène que nous respirons, stockent le carbone que nous émettons, nourrissent les poissons que nous mangeons ; le plancton est donc un élément constitutif majeur de l'écosystème terrestre. COMPLEx interagit fortement avec la Plateforme d'Imagerie Quantitative de Villefranche (PIQv ; https://sites.google.com/view/piqv), qui supervise l'opération des outils que l'équipe développe. Ces outils incluent des capteurs d'imagerie, tels que l'Underwater Vision Profiler (UVP) ou le ZooScan, ainsi qu'un nombre croissant de logiciels pour le traitement et le contrôle qualité des données des instruments, le tri taxinomique d'images (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/) ou le stockage et la distribution de de données d'abondance de neige marine. L'équipe a une longue expérience d'interaction avec des ingénieurs et des informaticiens, dans le monde universitaire ou le secteur privé, pour développer ces outils.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Non

Informations complémentaires

Vu les délais administratifs de recrutement, les candidat(e)s sont invités à soumettre leur dossier le plus rapidement possible.