Missions

L'ingénieur sera en charge d'établir et d'exploiter une plateforme de support à l'ingénierie et à l'évolution des protéines. Cette plateforme répondra principalement aux besoins en ingénierie des protéines du programme PEPR, mais pourra être impliquée en second lieu dans d'autres projets d'ingénierie enzymatique et d'évolution des enzymes. À la tête de cette plateforme, le candidat sera chargé de l'organiser comme un outil efficace au service de ces projets.
Il disposera d'une grande liberté pour organiser la plateforme de la manière la plus efficace possible afin de générer de nouvelles enzymes. À la tête de la plateforme, le candidat sera pleinement intégré à de nombreux projets de recherche de pointe.

Activités

Le candidat aura trois responsabilités principales :
- développer et exploiter une plateforme d'expression, de purification et de caractérisation d'enzymes à petite échelle et à haut débit.
- participer plus généralement à l'établissement et à la standardisation du pipeline d'évolution des enzymes, y compris les outils avancés de génération et d'analyse de bibliothèques, les protocoles d'affichage et de sélection, la microfluidique, le séquençage, l'automatisation et la caractérisation. La plupart de ces routines sont déjà opérationnelles dans le groupe, mais doivent être rassemblées dans un processus rationalisé. Cette tâche comprend le développement de la plateforme, l'achat de nouveaux équipements et consommables en utilisant le budget dédié.
- aider à la coordination générale du groupe en ce qui concerne l'évolution des enzymes et l'implication du PEPR.

Compétences

Le candidat aura une formation en expression et purification des protéines. La mise en place d'un système d'expression et de purification chromatographique constituera la tâche initiale et une expérience préalable est donc requise. Bien que le groupe possède un certain savoir-faire en chromatographie, le candidat devra être responsable de l'exploitation de l'installation et être proactif en matière de maintenance.
Le pipeline d'évolution dirigée comprend de nombreuses autres étapes, notamment l'expression de protéines in vivo ou in vitro, le display et la génération de bibliothèques de mutants intelligents, ainsi que le séquençage de nouvelle génération. Les candidats possédant une ou plusieurs compétences pertinentes, ou ayant une certaine expérience en évolution dirigée sont donc particulièrement encouragés à postuler. Cependant, les candidats ayant des éléments manquants mais une forte appétence à développer de nouvelles compétences sont également les bienvenus.
Bien qu'hébergée au laboratoire Gulliver, ESPCI, la plateforme est destinée à servir l'ensemble du consortium et de la communauté. Ainsi, le responsable de la plateforme d'ingénierie des protéines soutiendra également la coordination générale de ces projets et pourra être amené à collaborer avec des laboratoires partenaires. Les candidats ayant de bonnes compétences en communication seront privilégiés.

Compétences generales:
• Un haut niveau de proactivité et de responsabilité ainsi que rigueur scientifique.
• Auto-organisation, bonne communication, anglais courant, production de rapports scientifiques, traitement et gestion des données.
• Volonté d'élargir ses compétences et de participer aux projets de recherche, veille scientifique et technologique
• Une connaissance de l'évolution dirigée et une expertise en biologie moléculaire est un avantage.

Contexte de travail

Le candidat sera integré dans le PEPR "MoleculArXiv" et travaillera au sein de l'équipe Systèmes et Programmes et Moléculaires (SPM) au laboratoir Gulliver a l'ESPCI/PSL Paris. L'equipe est connue pour sa contribution à la programmation moléculaire, au diagnostic ultra-sensible et à l'ingénierie des protéines. Outre l'étude des aspects fondamentaux des circuits à base d'acides nucléiques pilotés par des enzymes, les applications pratiques ciblées sur la quantification des biomarqueurs circulants pour le diagnostic du cancer et l'évolution dirigée à haut débit des enzymes constituent un objectif important. Les deux applications se sont traduites en applications industrielles grâce à la création de spin-offs.
Le groupe SPM est hébergé au laboratoire Gulliver de l'ESPCI dans le 5ème arrondissement de Paris. Le laboratoire offre un environnement convivial interdisciplinaire pour explorer des idées originales et développer des projets de recherche créatifs.
Le groupe est actuellement impliqué dans le programme de recherche prioritaire (PEPR) « MoleculArXiv » d'une durée de 7 ans, et en particulier dans son workpackage 1 : « Next Generation Synthesis of DNA ». Le groupe développe ainsi actuellement de nouvelles technologies de synthèse d'ADN et plus particulièrement des outils enzymatiques pour y parvenir. Pour atteindre cet objectif, de nouvelles approches d'évolution dirigée à très haut débit sont en cours d'élaboration.
Ce travail s'appuie sur la vaste expérience du groupe dans l'évolution d'enzymes à haut débit, en mettant l'accent sur les protocoles in vitro, ainsi que sur le séquençage NGS, la microfluidique, l'apprentissage automatique et la biologie moléculaire. Cependant, dans le cadre du projet PEPR, le groupe cherche à augmenter ses capacités dans la génération d'enzymes candidates prometteuses et leur caractérisation.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Le financement est disponible sur 5 ans, avec un contrat de travail initial de deux ans (renouvelable)
Ce poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST) et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR

Informations complémentaires

https://www.cnrs.fr/en/pepr/pepr-exploratoire-molecularxiv-stockage-sur-adn.