Missions

La densité exceptionnelle d’information et la stabilité chimique de l’ADN en font un support très prometteur pour le stockage numérique de données, permettant d’encoder des textes, images, vidéos, etc. en séquences nucléotidiques. Si les technologies de stockage de données dans l’ADN progressent rapidement, le calcul sur de vastes bases de données encodées en ADN reste largement inexploré et constitue une perspective fascinante pour le calcul moléculaire. Le développement de nouvelles méthodes sera nécessaire pour permettre la manipulation de données dans des mélanges moléculaires complexes : récupération d’information, accès aléatoire, recherche approximative, requêtes et filtrage, chiffrement, compression et bien d’autres tâches de traitement de l’information.
Notre équipe recherche un·e doctorant·e talentueux·se et motivé·e pour contribuer au développement de la prochaine génération d’ordinateurs à ADN, capables de traiter de grandes bases de données moléculaires. Le projet visera à combiner des concepts de programmation moléculaire, microfluidique et ingénierie afin de concevoir des algorithmes sophistiqués pour l’exploration et la manipulation d’informations encodées dans des graphes à base d’ADN.
Le poste est entièrement financé par une prestigieuse bourse du CNRS et se déroulera à l’ESPCI Paris (Université PSL), en plein cœur de la capitale française. Ce projet offre une opportunité unique de travailler à l’interface de la biologie moléculaire, de l’informatique et de l’ingénierie, dans un environnement de recherche dynamique et collaboratif.
Nous offrons :
• Un environnement de recherche international stimulant à l’ESPCI Paris.
• Un financement garanti pour toute la durée du doctorat.
• Des opportunités de collaboration avec des experts de premier plan en calcul moléculaire et technologies basées sur l’ADN, en France et au Japon.

Publications d’intérêt: https://blog.espci.fr/guillaumegines/publications/

Activités

Le·la candidat·e retenu·e se concentrera sur la conception et la mise en œuvre expérimentale de circuits biochimiques sophistiqués, capables de répondre à des requêtes spécifiques (par exemple : « Quel est le plus court chemin pour aller du nœud X au nœud Y ? »). Il/elle s’appuiera sur la forte expertise du laboratoire dans la conception et l’assemblage de programmes moléculaires constitués d’oligonucléotides d’ADN et d’enzymes, capables de traiter de l’information.
Activités :
• Revue de littérature et compilation de données
• Planification et réalisation d’expériences biochimiques (assemblage de réseaux de réactions biochimiques)
• Analyse des données et compte-rendu régulier (hebdomadaire)
• Communication scientifique (rédaction de publications scientifiques, participation à des conférences)

Compétences

• Doctorat en informatique, biologie moléculaire ou domaine connexe, avec un fort intérêt pour la recherche interdisciplinaire.
• Solide formation dans au moins un des domaines suivants : programmation moléculaire, biologie synthétique, informatique, microfluidique ou disciplines apparentées.
• Motivation à travailler dans un environnement interdisciplinaire à l’interface de la biologie, de l’informatique et de l’ingénierie.
• Créativité, autonomie et enthousiasme pour relever des défis scientifiques ambitieux.

Contexte de travail

La prise de poste se fera dans l’environnement pluridisciplinaire du laboratoire Gulliver, à l’ESPCI Paris situé en plein cœur de Paris.
Plus d’informations : https://www.gulliver.espci.fr/?-home-