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Ingénieur-e expert-e en calcul scientifique H/F


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Informations générales

Référence : UMR7039-MONBIL-001
Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY
Date de publication : jeudi 12 mars 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2400 et 2600 € bruts en fonction de l'expérience professionnelle
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le CRAN mène des recherches interdisciplinaires associant l'automatique, le traitement du signal et de l'Image avec la biologie et la médecine. Le laboratoire développe des activités transverses à ces disciplines dans le domaine de l'ingénierie pour la santé en particulier pour développer des outils et méthodes pour les diagnostics et soins en cancérologie et neurologie et de la sûreté de fonctionnement des systèmes.

Dans ce cadre, le laboratoire dispose de plusieurs plateformes, notamment une plateforme d'irradiation/imagerie préclinique (OptiRAD).
Acquis en 2015, l'irradiateur X-RAD320 (Precision X-ray inc.), qui délivre des photons X d'énergie comprise entre 11 kV et 320 keV, permet l'irradiation de cellules en culture monocouche ou tridimensionnelle et l'irradiation focalisée de rongeurs (souris, rats). Depuis fin 2018, un module d'imagerie multimodale (bioluminescence / scintigraphie / X) permet la mise en place de protocoles de radiothérapie guidée par l'image ou d'analyse et de suivi de modèles tumoraux spécifiques. Un insert tomographique est en cours de réalisation par le laboratoire. Cet insert permet l'acquisition d'images morphologiques (X) et fonctionnelles (bioluminescence / scintigraphie) tridimensionnelles. De plus, le prototype est équipé d'une platine de translation motorisée sur 2 axes afin de positionner la zone à irradier d'après les images morphologiques et/ou fonctionnelles acquises ; permettant ainsi une véritable irradiation guidée par l'image (IGRT).

La personne recrutée viendra renforcer cette plateforme d'imagerie préclinique et apportera son expertise en calcul scientifique dans la mise en place d'outils nécessaires à l'évolution des performances de la plateforme.

Activités

Mission 1 : Implémenter des méthodes reconstruction tomographique pour la plateforme d'imagerie préclinique :

1 - Orienter le choix sur les méthodes et les outils pertinents en fonction du problème posé et de l'architecture des machines de calcul ciblées

2 - Concevoir des méthodes pour la modélisation, le calcul et la visualisation des résultats

3 - Optimiser les temps de calcul pour permettre aux utilisateurs d'obtenir leurs images dans un temps raisonnable

4 - Apporter auprès des chercheurs d'un domaine une expertise dans l'utilisation des méthodes mathématiques et des techniques informatiques pour la modélisation et la simulation d'un phénomène physique

5 - Développer un opérateur tomographique spécifique au prototype conçu au laboratoire.

6 - Transmettre les connaissances et les compétences en matière de calcul scientifique, au travers de présentations et de formations

Mission 2 : Calibrer les images acquises sous rayons X afin d'exprimer les valeurs de pixels en unité Hounsfield (unité usuelle des images scanner X):

1 - Mettre au point la procédure expérimentale
2 - Conduire les mesures
3 - Implémenter la calibration dans le logiciel de reconstruction

Compétences

Connaissances :
Mathématique : résolution de problème inverse, algèbre non linéaire / langage de programmation : C/C++ ; programmation GPU / algorithmique / modélisation et simulation numérique / sciences de l'ingénieur : bases en optique et physique médicale / techniques de présentation écrites et orales (rédaction de rapports techniques, présentations aux congrès)

Compétences opérationnelles :
Mettre au point ou adapter des techniques nouvelles / programmer dans différents environnements informatiques / apporter des réponses à des besoins spécifiques / assurer une veille scientifique et technique / transmettre des connaissances (doctorants, étudiants)

Compétences relationnelles :
Savoir dialoguer avec des interlocuteurs divers (chercheurs, enseignants, étudiants, collègues, collaborateurs industriels) / être à l'écoute des chercheurs, enseignants, doctorants et étudiants / savoir conseiller les chercheurs, enseignants, doctorants et étudiants.

Contexte de travail

Le Centre de Recherche en Automatique de Nancy (CRAN) est une unité mixte de recherche (UMR 7039) commune à l'Université de Lorraine et au CNRS - Institut des sciences de l'information et de leurs interactions (INS2I) et Institut des Sciences de l'Ingénierie et des Systèmes (INSIS).

Au 1er janvier 2020, le laboratoire compte 107 enseignants-chercheurs, 4 émérites, 9 chercheurs CNRS, 10 autres chercheurs de l'UL, de l'ICL et du CHU ou d'organismes externes, 11 post-docs, 73 doctorants et 32 (dont 28 CDI et 4 CDD) ingénieurs, techniciens ou administratifs. Il fait partie de la Fédération de Recherche Charles Hermite Automatique, Informatique, Mathématiques de Lorraine et du pôle scientifique Automatique, Mathématiques, Informatique et leurs Interactions (AM2I) de l'université de Lorraine. Le laboratoire est classé zone à régime restrictif depuis Février 2014 et compte 9 sites.Les recherches menées au CRAN concernent l'Automatique définie comme la science de la modélisation, de l'analyse, de la commande et de la supervision des systèmes dynamiques mais aussi le traitement du signal et le génie informatique.

Avec l'intégration en 2013 d'une EA de biologie, et en s'appuyant sur les forces historiques de l'unité, le CRAN mène également des recherches interdisciplinaires associant l'automatique, le traitement du signal et de l'Image avec la biologie et la médecine.

Contraintes et risques

Exposition aux rayonnements ionisants lors des tests

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