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Développement d'une fonction de scoring pour l'évaluation des poses de docking de ligands. H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 19 avril 2024

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Développement d'une fonction de scoring pour l'évaluation des poses de docking de ligands. H/F
Référence : UMR7036-CHRJEL-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY
Date de publication : vendredi 29 mars 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 3 juin 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2934,82€
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Matière condensée : organisation et dynamique

Missions

Nous recherchons une personne hautement motivée et compétente, titulaire d'un doctorat en modélisation moléculaire, bioinformatique, chemo-informatique ou biophysique, pour rejoindre notre équipe en tant que chercheur postdoctoral. Le candidat retenu travaillera sur le développement d'un potentiel d'interaction basé sur la physique pour ré-évaluer les poses de docking et analyser les interactions ligand/protéine. Cette fonction de scoring est basée sur la représentation explicite des densités électroniques à la fois du récepteur et du ligand pour les composantes électrostatiques et d'induction. Le chercheur postdoctoral travaillera sur le développement de termes spécifiques dans la fonction de scoring, y compris les termes de dispersion, de solvatation non polaire et entropique.
Dans une étape ultérieure, le projet de recherche consiste à entraîner la fonction de scoring développée à l'aide d'un ensemble de données de référence de complexes protéine/ligand associés à des constantes de liaison expérimentales. Des approches d'apprentissage automatique seront appliquées en collaboration avec un laboratoire parisien. La fonction entraînée sera éventuellement appliquée aux résultats de docking moléculaire comprenant des poses correctes et des fausses afin de quantifier et de comparer ses performances avec d'autres approches proposées dans des programmes informatiques de docking populaires.

Activités

Effectuer des recherches académiques, développer de nouvelles méthodes et protocoles, maintenir les codes d'analyse avec toutes les annotations et documentation requises.
- Contribuer à l'analyse des données et aux calculs, à la rédaction des publications et à la présentation des résultats de recherche lors de séminaires/conférences.
- Superviser les membres juniors du laboratoire pendant leur stage.
- Le candidat sera impliqué dans le développement logiciel des fonctionnalités liées à la fonction de scoring dans le logiciel MoProSuite développé par l'équipe, en utilisant le langage de programmation C++.

Compétences

Pour réussir dans ce rôle, le candidat idéal devra avoir de l'expérience en modélisation moléculaire, en chimie physique, en bioinformatique structurale, en docking moléculaire ou en criblage virtuel.
Une compétence dans au moins un langage de programmation, de préférence C++, est requise.
De plus, une maîtrise de la langue anglaise est nécessaire.

Contexte de travail

Le laboratoire CRM2 (Laboratoire Cristallographie Résonance Magnétique & Modélisations) est situé à la Faculté des Sciences & Technologies, à Nancy. Le chercheur postdoctoral travaillera au sein de l'équipe BioMIMIC dont les domaines de recherche sont la biologie structurale, la modélisation des interactions et l'ingénierie cristalline.

Informations complémentaires

Recherche financée par ANR.