Informations générales
Intitulé de l'offre : Ingénieur (H/F) en bioinformatique pour la production de jeux de données de génomique des populations chez les plantes à fleurs
Référence : UMR6553-SYLGLE-010
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : jeudi 16 janvier 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 5 mois
Date d'embauche prévue : 10 mars 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Entre 2466 et 2632 bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Missions
La personne recrutée produira et structurera des jeux de données de polymorphisme génomique chez les plantes à partir de données publiques pour préparer des analyses de génomique des populations comparative.
Activités
1) Identification des jeux de données initiaux disponibles dans les bases de données publiques.
2) Application du pipeline de production des données polymorphisme (vcf + méta-données) déjà développé dans l’équipe basé sur le pipeline snpArcher (Mirchandani et al. 2024, https://doi.org/10.1093/molbev/msad270).
3) Contrôle qualité, documentation et organisation des jeux de données produits.
4) Test et automatisation des pipelines aval d’analyse de génomique des populations (utilisation de Snakemake et d’outils associés au traitement et à l’analyse des données de polymorphisme).
5) Evaluation de la possibilité d’utilisation des données du projet Darwin Tree of Life (https://www.darwintreeoflife.org/data/).
Compétences
- Diplôme de Master ou Ingénieur : bonnes compétences en bioinformatique, incluant l'utilisation de serveur de calcul, des outils snakemake et conda, des connaissances dans différents langages de programmation (au minimum bash et python), des connaissances sur la structure et l'utilisation des bases de données de séquences telle que NCBI.
- Des connaissances en génomique des populations et une expérience avec l'analyse de données de polymorphisme seront appréciées.
- Rigueur dans l'organisation du travail et capacité à organiser et documenter les procédures utilisées et les résultats produits.
- Bonne connaissance de l'anglais écrit (recherche bibliographique pour l'identification de jeux de données, rédaction de notices), niveau B2 (cadre commun européen de référence en langues)
- Savoir travailler en équipe
Contexte de travail
Le poste s'inscrit dans les projets FloweRS (Déterminants reproductifs du succès évolutif et écologique chez les plantes à fleurs, ANR) et Tackling the Lewonting Paradox in Plants (Agence de la recherche suédoise). La personne sera basée à ECOBIO au sein du thème EVO-ADAPT et travaillera étroitement avec Sylvain Glémin (Chercheur) et Maxence Brault (Doctorant). En dehors du laboratoire, elle interagira en particulier avec Alexander McKintosh et Martin Lascoux (Université d'Uppsala) partenaires du projet. Elle utilisera l'infrastructure de calcul genouest (https://www.genouest.org).
Contraintes et risques
Contraintes et risques liés au travail sur ordinateur.