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Portail > Offres > Offre UMR6553-SYLGLE-007 - Post-doc en génomique évolutive - évolution de l'expression des gènes (H/F)

Post-doc en génomique évolutive - évolution de l'expression des gènes (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 9 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR6553-SYLGLE-007
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : vendredi 18 novembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2800 à 3960€ brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'objectif est de tester une nouvelle théorie sur l'évolution de la régulation de l'expression des gènes. Le post-doc mettra en place un pipeline d'analyse génomique permettant de tester les prédictions de cette théorie, de l'appliquer à des jeux de données déjà disponibles dans les bases de données publiques et de tester l'effet de certains paramètres de la théorie comme la recombinaison ou les systèmes de reproduction.

Activités

- Développement d'un pipeline d'analyse permettant de faire le lien entre annotation des mutations délétères et expression allèle spécifique
- Application à des données publiques disponibles
- Mise à disposition des outils développés pour les autres partenaires du projet
- Diffusion des résultats sous forme d'articles et de présentation à des conférences

Compétences

- Doctorat en biologie/génomique évolutive
- Connaissance des techniques de bioinformatique pour le traitement des données génomiques
- Expérience en programmation pour l'analyse des données génomiques (R, Python)
- Expérience pour l'utilisation de clusters de calcul
- Expérience dans l'utilisation des bases de données génomiques et le traitement de jeux de données massifs et hétérogènes
- Savoir travailler en équipe
- Anglais niveau B2 à C1, pouvoir rédiger et présenter des articles scientifiques

Contexte de travail

Le chercheur ou la chercheure travaillera dans le cadre du projet ANR CisTransEvol dont l'objectif est d'etudier l'évolution de la régulation de l'expression des gènes chez les eucaryotes par des approches de génomique évolutive. Plus particulièrement, l'objectif est de tester une théorie récemment proposée par le porteur du projet* sur l'évolution des cis-régulateurs de l'expression des gènes ("run-away evolution"). Un élément clé de cette théorie qui sera testé est l'existence d'une association entre biais d'expression allélique (déterminé par les régulateurs en cis) et mutations délétères dans les régions codantes des gènes.
[* Fyon, F., A. Cailleau, and T. Lenormand. 2015. Enhancer Runaway and the Evolution of Diploid Gene Expression. PLOS Genetics 11:e1005665.]

La personne recrutée travaillera au sein du thème scientifique « Evolution des génomes, traits d'histoire de vie et adaptation » au sein de l'UMR 6553 ECOBIO sous la responsabilité de Sylvain Glémin (DR CNRS), partenaire du projet ANR CisTransEvol. Elle travaillera en partie avec les outils et le support de la plateforme genouest. Elle sera amenée à se déplacer à Montpellier et Roscoff pour des réunions avec les partenaires du projet et en France ou à l'international pour des conférences scientifiques.

Contraintes et risques

Les risques associés au travail sont ceux associés au travail prolongé sur écran.

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