Ingénieur d'Etude en bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Le poste consistera à travailler dans le cadre du projet ANR PHAWET visant à étudier l'effet des perturbations du régime hydrologique des sols sur les interactions entre les hôtes microbiens et leurs virus dans les sols de zones humides. La personne recrutée aura pour missions de :
1) Analyser les données de métagénomique, métatranscriptomique et métaviromique issues du séquençage des communautés microbiennes et virales dans les sols de deux zones humides en Bretagne.
2) Identifier, à partir des données préalablement analysées, des biomarqueurs moléculaires ciblant les taxons dominants et/ou spécifiques à chaque site ou saison ainsi que des associations virus-hôtes microbiens.

Activity

- Analyses bioinformatiques (curation, assemblage et annotation des MAGs et des transcriptomes) des données de séquençage de microorganismes et de virus des sols
- Prédictions d’interactions virus – hôtes microbiens
- Identification de biomarqueurs génétiques correspondant à des microorganismes et virus d’intérêt pour réaliser ultérieurement leur suivi ciblé
- Apporter des conseils méthodologiques et une assistance technique pour la manipulation, l’analyse, le partage et la sauvegarde des données de séquençage
- Effectuer des présentations et des formations afin d’assurer le transfert des connaissances et des compétences aux membres du projet ANR

Your Profil

Skills

Connaissances (toutes ou parties):
- Méthodes et outils de mapping et d’assemblage de métagénomes et métatranscriptomes
- Méthodes et outils de curation et d’annotations des séquences (reads, gènes, génomes...)
- Banques de données (taxonomique, gènes, génomes, protéines, voies métaboliques…)
- Méthodes et outils d’analyse de données de viromique et d’étude d’association hôtes-virus
- Langages de programmation : python et R ,
- Outils de virtualisation (Docker) et de gestion de packages et d’environnements (Conda) de distribution, pipeline Galaxy ou équivalent
- Environnements de programmation (jupyter, RStudio, VScodium...) et des outils de gestion et et de collaboration via des plateformes de partage de code (github, gitlab...)

Compétences opérationnelles (toutes ou parties):
- Bonne pratique de gestion de données (Open data, principes FAIR)
- Identifier et évaluer les outils bioinformatiques pertinents pour l’analyse des données.
- Installer et utiliser les outils bioinformatiques dans différents environnements informatiques (cluster de calculs, serveur Galaxy, environnements virtualisés)
- Concevoir et développer des outils d’analyses reproductibles et documentées
- Archivage des données et des métadonnées dans les banques de données publiques pour leur sauvegarde et leur partage
- Rédiger la documentation pour les utilisateurs, transmettre des connaissances et utiliser les techniques de présentation
- Réaliser une veille dans le domaine d’activité

Aptitudes:
- Autonomie, sens de l’organisation et disponibilité
- Rigueur, fiabilité
- Capacité à travailler en équipe

Your Work Environment

L’UMR ECOBIO (CNRS - Université de Rennes) à Rennes, France, propose un poste d’ingénieur.e d’étude en bioinformatique afin de traiter des données de type –omique (metagénomique, metatranscriptomique, metaviromique) pour l’étude des interactions hôtes microbiens - virus dans les sols des zones humides. ECOBIO offre un environnement de recherche stimulant et la personne sera recrutée dans le cadre du projet ANR mono équipe PHAWET mobilisant des chercheurs et ingénieurs interdisciplinaires. Dans sa globalité, ce projet débuté en 2026 vise à étudier l’effet des changements de teneur en eau des sols sur les interactions entre les virus et leur hôtes microbiens, et la personne recrutée prendra en charge le volet bioinformatique du projet. Il/elle sera pleinement intégré.e à l’équipe de recherche et au thème ‘Fonctionnement des Ecosystèmes’ (ECOFUN - https://ecobio.univ-rennes.fr/ecofun-diversity-interactions-processes) et sera sous la supervision de Cécile Monard (CR CNRS) et de Alexis Dufresne (CR CNRS).

Compensation and benefits

Compensation

entre 2496€ et 2879€ bruts mensuels selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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