Missions

L’Ingénieur.e d’études sera responsable des aspects biologie moléculaire du projet EVOL-SV. Sa mission principale sera d’extraire de l’ADN génomique de haut poids moléculaire et de réaliser des banques de fragments d’ADN génomiques destinés au séquençage de nouvelle génération en suivant un tout nouveau protocole d’haplotagging.
Il/elle sera amené.e à appliquer, optimiser et transmettre des protocoles expérimentaux dans d’autre aspects de génétique moléculaire (e.g. préparation de librairies pour du séquençage nanopore, extraction de noyaux, etc). Il/Elle contribuera à la gestion des commandes et stocks de consommables, ainsi qu’à la formation des membres du groupe-projet.

Activités

- Gestion et organisation d’une grande quantité d’échantillons. Tenue d’une base de données.
- Préparation d'ADN génomique de haut poids moléculaire. Optimisation du protocole.
- Fabrication d’enzyme et de duplex d'ADN - contrôle de l’activité
- Préparation de banques de fragments par "tagmentation" pour séquençage Illumina.
- Gestion des stocks de consommables et des commandes.
- Transmission des compétences aux étudiant.e.s stagiaires et doctorant.e.s

Compétences

- Connaissance générale et expérience de la biologie moléculaire et génétique.
- Rigueur et minutie dans l’application des protocoles de génétique moléculaire (e.g. maîtrise des protocoles de PCR et purification sur billes magnétiques)
- Expérience de fabrication de banques de fragments génomiques pour le séquençage (serait un plus)
- Connaissance des risques et des règles d’hygiène et de sécurité relatives au travail dans un laboratoire de biologie moléculaire.
- Aptitude à travailler en équipe, avec esprit d'initiative et d'autonomie, et à communiquer sur l’avancée des travaux (y compris en anglais)
- Aptitudes organisationnelles, procédures normalisées pour la gestion des échantillons et des expérimentations.
- Motivation à étendre son champ de compétences en génétique moléculaire (développement et optimisation de protocole) et son champ de responsabilité (gestion des commandes, formation aux protocoles, etc)
- Un bac + 5 serait un plus.

Contexte de travail

Le recrutement se fera dans le cadre d'un projet Européen financé pour 5 ans « EVOL-SV » qui a pour objectif de comprendre le rôle des variations de structure du génome dans l’évolution. Le projet comprend une large part expérimentale et moléculaire sur le modèle d’étude de la mouche du varech et rassemblera une équipe de 6 personnes.
Le projet implique l’utilisation de toutes nouvelles approches de séquençage pour accéder à des fragments plus longs d’ADN et ainsi être capable de détecter les variations de structure (par exemple inversions chromosomiques, insertions/délétions). Il y a donc un travail très important au niveau moléculaire pour extraire l’ADN de la meilleure qualité possible et réaliser des banques de séquençage particulières permettant de marquer les haplotypes (haplotagging1). Cette mission sera celle de l’ingénieur.e d’études en équipe avec la responsable du projet et les experts collaborateurs. L’ingénieur.e d’études aura la responsabilité d’organiser la gestion des échantillons et des banques de séquençage, d’optimiser ou corriger les protocoles, et plus largement aura la responsabilité des aspect moléculaires du projet. Il/elle s’impliquera dans la formation des étudiants et jeunes chercheurs ainsi que la gestion des commandes de réactifs et consommables.
L'ingénieur.e d’études intègrera l'UMR CNRS Ecobio à Rennes au sein de laquelle plusieurs programmes conduisent des recherches en génétique de l’évolution. Il/elle sera rattaché(e) au thème EVO-ADAPT et travaillera sous la responsabilité hiérarchique de la responsable scientifique du projet EVOL-SV.
L’ingénieur.e d’études collaborera avec les étudiant.e.s stagiaires, doctorant.e.s et post-doctorant.e.s impliqués dans le projet EVOL-SV (parfois anglophones) et avec les ingénieur.e.s et technicien.ne.s des plateformes locales d’écologie moléculaire (PEM) de génomique environnementale (EcogenO, génomique environnementale, https://osur.univ-rennes1.fr/ecogeno).

1- Meier, J. I., Salazar, P. A., Kučka, M., Davies, R. W., Dréau, A., Aldás, I., ... & Chan, Y. F. (2021). Haplotype tagging reveals parallel formation of hybrid races in two butterfly species. Proceedings of the National Academy of Sciences, 118(25), e2015005118.

Contraintes et risques

Connaissance des bonnes pratiques de laboratoire