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Portail > Offres > Offre UMR6553-BERDIC-014 - Post-doctorant en génomique évolutive (H/F)

Post-doctorant en génomique évolutive (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mardi 23 avril 2024

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Post-doctorant en génomique évolutive (H/F)
Référence : UMR6553-BERDIC-014
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : mardi 2 avril 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 août 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2905 à 4260 euros bruts mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Missions

Les variations structurales représentent un aspect important de la variabilité génétique qui est néanmoins resté difficile à quantifier jusque récemment. La publication et le partage récent de génomes de référence de haute qualité et de séquençage en lectures longues permet aujourd’hui la caractérisation de variants structuraux (SVs). L’objectif de ce post-doctorat sera de développer un pipeline reproductible pour la caractérisation des SVs puis de mettre en œuvre cette approche pour comprendre l’évolution de la diversité structurale à travers l’arbre du vivant.

Activités

- Analyses de génomes assemblés de haute qualité et de séquences longues (3ème génération).
- Développement d’un pipeline bioinformatique automatisé pour la détection et le traitement des variations structurales dans les génomes de référence.
- Analyses de génomique évolutive (distribution de la diversité structurale) dans un contexte phylogénétique et en lien avec des caractères écologiques et/ou d’histoires de vie.
- Veille en bioinformatique et génomique évolutive
- Participation à la formation des membres de l'équipe et à la dynamique du projet
- Rédaction de publications
- Communication active avec des collaborateurs internationaux

Compétences

- Doctorat en biologie évolutive : connaissances approfondies de la théorie de l’évolution et génomique évolutive.
- Capacité à gérer des grands jeux de données en assurant la traçabilité du traitement et la reproductibilité
- Maîtrise des analyses bioinformatiques sur des données de séquençage et génomes
- Connaissance d’un ou plusieurs langages de programmation (par exemple R, C++, java, python, …), d’un interpréteur shell Unix, d’outils d’automatisation (snakemake,…) et de versioning (GitLab, …)
- Capacité à utiliser un cluster de calcul et les outils de gestion (slurm)
- De l’expérience dans l’analyses de données comparatives inter-espèces sur des questions d’évolution serait un plus.
- Initiative, créativité, autonomie, capacité d’organisation et de planification.
- Excellentes qualités de communication orale et écrite, y compris en anglais (articles scientifiques, présentations orales et écrites)
- Aptitude à travailler en équipe et à s'inscrire dans des projets collectifs, incluant des collaborateurs internationaux et/ou inter-disciplinaires (biologie, informatique)
- Qualités pédagogiques et goût à partager son savoir-faire dans l’équipe

Contexte de travail

Le recrutement se fera dans le cadre d'un projet Européen financé pour 5 ans « EVOL-SV » qui a pour objectif de comprendre le rôle des variations de structure du génome dans l’évolution.
Le/la chercheur.e post-doctorant.e intègrera l'UMR CNRS Ecobio à Rennes au sein de laquelle plusieurs programmes conduisent des recherches en génétique de l’évolution. Il/elle sera rattaché(e) au thème EVO-ADAPT et travaillera sous la responsabilité hiérarchique de la responsable scientifique du projet EVOL-SV. Il/Elle collaborera avec les étudiant.e.s stagiaires, doctorant.e.s et post-doctorant.e.s impliqués dans le projet EVOL-SV (parfois anglophones). Il/Elle collaborera avec des partenaires à l’IRISA/INRIA (bioinformatique) et sera amené à effectuer de courts séjours au Royaume-Uni auprès de deux équipes de collaborateurs.

Contraintes et risques

Pas de risques au-delà de ceux classiques de travail sur écran

Informations complémentaires

N’hésitez pas à contacter Claire Mérot pour des renseignements sur le poste (claire.merot@univ-rennes.fr)