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Portail > Offres > Offre UMR6539-ANNPOD-016 - Post-doctorat en biologie moléculaire et bioinformatique H/F

Post-doctorat en biologie moléculaire et bioinformatique H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR6539-ANNPOD-016
Lieu de travail : PLOUZANE
Date de publication : mardi 11 février 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2643.22€ à 4207.80€ bruts selon expériences
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Dans le cadre de l'ANR PARASED, le travail du postdoctorant, financé par la région bretagne, consistera à effectuer des expériences en biologie moléculaire et à analyser les données de transcriptomique et génomique à haut débit pour comprendre la plasticité des mécanismes de virulence des parasites marins eucaryotes invasifs de bivalves appartenant au genre Perkinsus (Perkinsozoa, Alveolata).

Activités

Grâce à une nouvelle méthodologie du transcriptome ciblé développée au LEMAR, ce projet propose d'évaluer la plasticité d'infection de P. olseni lors de l'infection in situ de tissus infectés de plusieurs hôtes dans un site modèle, la Rade de Brest. Dans ce contexte, ce post-doctorat s'articulera autour de 2 questions: 1) le transcriptome ciblé est-il représentatif de l'expression globale des gènes parasitaires exprimés dans les tissus infectés et 2) comment P. olseni peut-il infecter deux hôtes de la même espèce de Ruditapes (une espèce invasive et une indigène).

Objectif 1 : Validation de la méthodologie. Dans un premier temps, le/la post-doctorant(e) validera la méthodologie sur les stades trophozoites en culture en réalisant un transcriptome global et ciblé en séquençage illumina. Toutes les séquences générées seront assemblées, annotées et incorporées dans une reconstruction métabolique en utilisant les comparaisons KEGG pour identifier les probables gains/pertes, et les régulations significatives des voies métaboliques parasitaires. Une comparaison de ces jeux de données permettra de révéler la représentativité du transcriptome ciblé par rapport au transcriptome global. Ces données sont déjà disponibles pour être analysées. Un pipeline d'analyse bio-informatique sera alors créé pour l'analyse des données de l'objectif 2 (collaboration A. Monier U. Exeter).

Objectif 2 : Analyse des transcriptomes ciblés dans des tissus infectés de deux espèces hôtes de Ruditapes (une espèce invasive et une indigène). Le/la post-doctorant(e) devra réaliser les extractions et purifications d'ARN, séquencer les transcriptomes ciblés et procéder à l'analyse bio-informatique grâce au pipeline créé dans l'objectif 1.

Compétences

Le/la candidat(e) devra avoir soutenu sa thèse depuis moins de 2 ans et devra avoir passé au moins 18 mois à l'étranger. Le/la candidat(e) devra maîtriser les techniques de biologie moléculaire (e.g. extraction d'ADN et d'ARN) et être autonome en analyse bioinformatique en génomique et transcriptomique (e.g. maîtrise de Unix/Linus, R). Un bon niveau d'anglais est aussi requis.

Contexte de travail

Localisation du post-doctorant au LEMAR, UMR 6539 à Brest au sein de l'équipe PAnorama.; 38h30/semaine;

Contraintes et risques

quelques déplacements dans l'équipe du A. Monier (Université d'Exeter, Angleterre) sont prévus pour compléter les analyses bio-informatiques.

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