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Portail > Offres > Offre UMR6074-OLICOL-008 - Ingénieur-e développeur / DevOps (H/F)

Ingénieur-e développeur / DevOps (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 30 novembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR6074-OLICOL-008
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : mercredi 28 septembre 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 19 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2210€ et 2330€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Dans le cadre du projet européen EuroScienceGateway auquel participe la plate-forme GenOuest, des travaux seront initiés pour permettre à plusieurs portails web Galaxy de d'exploiter une infrastructure de calcul distribuée au niveau européen.
En tant qu'application web open-source, Galaxy permet aux biologistes et bioinformaticien·ne·s d'exécuter des calculs scientifiques (simples ou complexes) sur des ressources de calcul diverses (cluster de calcul, cloud). Galaxy offre une interface simple d'accès, tout en permettant le traitement de volumes importants de données (de l'ordre du teraoctet) à travers des chaînes de traitements complexes, et tout en respectant les principes de la science ouverte et des données FAIR.
Le projet EuroScienceGateway, s'appuyant sur un groupe de six portails Galaxy d'envergure nationale et internationale, doit permettre d'offrir un accès unifié aux ressources de calcul et de stockage à l'échelle européenne en s'appuyant sur EOSC (European Open Science Cloud). En lien avec l'ouverture des données suivant les principes FAIR, le projet assurera une transparence et un accès facilité aux données et aux traitements.
D'un point de vue technique, le projet repose sur la technologie Pulsar qui permet d'interconnecter les serveurs Galaxy avec des ressources de calcul distantes (cloud).
Pour mener à bien ces travaux, la plate-forme GenOuest recrute un.e développeu·r·se pour mener à bien les développements en lien avec les équipes européennes impliquées dans le projet.
L'ingénieur(e) aura pour principale mission de contribuer au déploiement et au développement d'une infrastructure de calcul Pulsar au niveau Français. Il/elle contribuera par ailleurs au développement du serveur Galaxy national UseGalaxy.fr en collaboration étroite avec l'Institut Français de Bioinformatique, afin de tirer partie de cette infrastructure de calcul.
Enfin, il/elle prendra une part active aux collaborations à l'échelle européenne dans le cadre du projet en participant notamment aux réunions et ateliers.

Activités

Activités principales
● Prendre en charge le déploiement et les évolutions d'une infrastructure Pulsar française : déploiement automatisé, tests, propositions d'évolutions et contributions au projet
● Participation à l'administration et à l'évolution de l'instance UseGalaxy.fr : mises à jour, évaluation et implémentation des nouvelles fonctionnalités, installation d'outils, banques, gestion des quotas, débogage ...
● Assurer une veille technologique.
● Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet Galaxy
● Participer aux ou prendre en charge les portages d'outils (wrapping) sous Galaxy

Activités associées :
● Présenter ses activités : webinars, réunions de travail en visio et en présentiel...
● Participer à l'assistance et au support utilisateur.
● Participer à l'organisation et à la réalisation de formations à l'utilisation de Galaxy

Compétences

Savoir-faire
- Bonne connaissance de l'environnement Linux
- Connaissance des technologies du cloud (Openstack)
- Connaissances en architecture système et réseau
- Connaissances en systèmes HPC (Slurm, Condor, …)
- Techniques de virtualisation et conteneurisation (Docker)
- Maîtrise du langage Python
- Déploiement automatisé (Terraform, Ansible)
- Intégration continue (GitHub Actions, GitLab CI)
- Outil de versioning Git et outils de collaboration associés (GitHub, Gitlab, …)
- Bonne compréhension de l'anglais oral et écrit (niveau européen B2-C1).
- Savoir rédiger des documentations

Savoir être
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Capacité à travailler à distance.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Capacité d'écoute et sens du contact.
- Capacité à apprendre et se former en continu dans un contexte scientifique en évolution rapide.

Contexte de travail

Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
Présentation de l'IRISA en tant que laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

Les développements se feront au sein de la plate-forme GenOuest, à l'IRISA à Rennes. L'IRISA est un des plus grands laboratoires de recherche français en informatique. La plate-forme GenOuest est membre de l'Institut Français de Bioinformatique. Implantée dans la communauté bioinformatique depuis plus de 20 ans, GenOuest offre ses services à une large communauté de plus de 800 scientifiques et porte de nombreux projets de développements se focalisant sur le calcul, la reproductibilité des traitements et la gestion des données scientifiques.
Etant donnée la nature internationale du projet, les échanges se feront en anglais avec les partenaires du projet que ce soit en visioconférence ou bien par courrier électronique. Des déplacements à l'étranger sont à prévoir. Contrat 12 mois renouvelable.

Informations complémentaires

HORIZON- INFRA 2021-EOSC-01

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