Missions

Les technologies liées à intelligence artificielle (IA) sont porteuses de promesses majeures dans le domaine de la bioinformatique, par exemple pour l'analyse de la structure des protéines (AlphaFold), l'analyse de séquence (e.g. annotation de génome) ou encore l'extraction d'information à partir de la littérature. Cependant, pour beaucoup de communautés en Biologie, l’utilisation des outils d’intelligence artificielle peut s’avérer ardue, principalement à cause de la courbe d’apprentissage des différentes techniques et méthodes associées.
Dans ce contexte, la plate-forme GenOuest souhaite accompagner les communautés dans l'appropriation de ces technologies qui deviennent incontournables. Ainsi, GenOuest recrute un ingénieur développeur (H/F) avec un profil orienté machine learning, pour contribuer au développement d’un environnement permettant d’intégrer les différentes briques du machine learning : les données et leur traitement, les modèles, les workflows, les registres de modèles. Cette problématique sera abordée sous l’angle de la mise à disposition de services auprès de la communauté. Les procédures mises en place serviront à la montée en compétence de la plateforme en MLOps (Machine Learning Operations).
Cet environnement aura pour but de prendre en charge la gestion du cycle de vie complet d’un modèle d’apprentissage automatique, d’accompagner la prise en main des modèles complexes de Machine Learning et de faciliter le travail des scientifiques dans ce domaine. Il pourra également être mis à profit dans le cadre des formations à la fois initiales et permanentes.

Activités

Activités principales :
- Contribuer au développement d’un environnement pour accompagner l’utilisation du machine learning pour la bioinformatique
- Assurer la maintenance et l’évolution de cet environnement
- Participer à l’organisation et à la réalisation de formations à l’utilisation des solutions mises en place
- Diffuser et valoriser des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales
- Assurer une veille technologique
Activités associées :
- Présenter ses activités : webinaires, réunions de travail en visio et en présentiel.
- Participer à l’assistance et au support utilisateur.

Compétences

- Connaissance de l’utilisation de modèles de Machine Learning
- Connaissance des packages usuels (e.g. Scikit learn, Pytorch, Tensorflow, …) de Machine Learning
- Idéalement, connaissance des pratiques MLOps
- Culture du domaine : analyse de données en bioinformatique, génomique
- Maîtrise du langage Python en environnement Linux
- Maîtrise des technologies web (JavaScript, API REST)
- Connaissance et pratique de l'intégration continue, la distribution continue et le déploiement continu
- Connaissances des outils et technologies associées (GitLab CI, Docker, Ansible).
- Connaissances de base en systèmes de calcul HPC (Slurm, utilisation de GPU, …)
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir rédiger des documentations
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Capacité à travailler à distance.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
- Esprit d’équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d’écoute et sens du contact.
- Capacité à apprendre et se former en continu dans un contexte scientifique en évolution rapide.
- Compétences dans les méthodes de développement et d’intégration continue
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contexte de travail

Le poste est affecté à la plate-forme GenOuest, rattachée au laboratoire de recherche informatique IRISA à Rennes. La plate-forme GenOuest est membre de l’Institut Français de Bioinformatique. Implantée dans la communauté bioinformatique depuis plus de 20 ans, GenOuest offre ses services à une large communauté de plus de 800 scientifiques et porte de nombreux projets de développements se focalisant sur le calcul, la reproductibilité des traitements et la gestion des données scientifiques.
L'ingénieur développeur travaillera en étroite collaboration avec les ingénieurs de la plateforme et les différents partenaires de la plateforme au niveau régional, national et européen.

Le poste proposé se situe sur le campus de Beaulieu à Rennes.
Poste à temps plein, 38h30 hebdomadaires avec RTT.
Télétravail possible.

A propos du laboratoire
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www.irisa.fr
L'IRISA est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (plus de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, l'IRISA est un laboratoire d'excellence dont les priorités scientifiques sont la bioinformatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des big data et l'intelligence artificielle. Tourné vers l'avenir de l'informatique et nécessairement tourné vers l'international, l'IRISA est au cœur même de la transition numérique de la société et de l'innovation au service de la cybersécurité, de la santé, de l'environnement et de l'écologie, des transports, de la robotique, de l'énergie, de la culture et de l'intelligence artificielle.

Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
Présentation de l'IRISA comme laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite éventuellement, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

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