Ingénieure ou ingénieur de recherche en bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge de la mise en place d'un pipeline complet d''annotation structurelle puis fonctionnelle des fonctions enzymatiques de génomes de levures, et du développement de méthodes pour leur interprétation en voies métaboliques d’intérêt. Ces méthodes seront appliquées à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.

Activity

- Réaliser l’annotation structurelle de génomes de levure clés pour le projet scientifique.
- Mettre en place une plateforme d'annotation fonctionnellement des génomes de levures et l'appliquer aux génomes du projet scientifique (plusieurs centaines).
- Développer et implémenter des algorithmes de prédictions de fonctions enzymatiques issus de l’état de l’art et les interpréter en voies métaboliques.
- Mettre en place et piloter une plateforme numérique d'interprétation de génomes à l'échelle de voies métaboliques.

Your Profil

Skills

- Connaissances avancées en bioinformatique.
- Analyse de données génomiques
- Implémentation et mise à production de pipelines bioinformatiques
- Connaissances en machine learning
- Expertise en annotations structurelle et fonctionnelle de génomes.
- Expérience en environnement Linux/HPC
- Programmation (python).
- Travail avec des environnements de workflow (Galaxy).
- Connaissance sur l'analyse des voies métaboliques à partir de données génomiques.

Your Work Environment

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.

La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.
La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.

A propos du laboratoire
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www.irisa.fr
L'IRISA est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (plus de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, l'IRISA est un laboratoire d'excellence dont les priorités scientifiques sont la bioinformatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des big data et l'intelligence artificielle. Tourné vers l'avenir de l'informatique et nécessairement tourné vers l'international, l'IRISA est au cœur même de la transition numérique de la société et de l'innovation au service de la cybersécurité, de la santé, de l'environnement et de l'écologie, des transports, de la robotique, de l'énergie, de la culture et de l'intelligence artificielle.

Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
Présentation de l'IRISA comme laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Compensation and benefits

Compensation

De 3 143,64 à 4 816,31€ selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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