Ingénieure ou ingénieur d'étude en bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge du développement d’un pipeline d’annotation automatique des fonctions enzymatiques de génomes de levures. Ce pipeline s’appuiera sur des pipelines développés par des partenaires de l’IRISA, qu’il faudra adapter au cadre des levures. Le pipeline devra ensuite être enrichi par des méthodes originales de prédiction de fonctions enzymatiques présélectionnées par l’équipe de recherche, dont il faudra s’assurer du passage à l’échelle.
Enfin, la personne devra développer une méthode pour interpréter les annotations enzymatiques en voies métaboliques d’intérêt pour le projet scientifique. Le pipeline sera appliqué à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.

Activity

- Développer un pipeline d’annotation des fonctions enzymatiques de génomes de levures et de leur interprétation en voies métaboliques ciblées.
- Réaliser l’annotation structurelle de souches de levure clés pour le projet scientifiques.
- Implémenter des algorithmes de prédictions de fonctions enzymatiques issus de l’état de l’art.
- Développer un algorithme d’interprétation d’annotations enzymatiques en voies métaboliques.
- Annoter fonctionnellement des génomes de levures (plusieurs centaines).

Your Profil

Skills

- Connaissances avancées en bioinformatique.
- Expertise en annotations de génomes.
- Capacité à utiliser des infrastructures de calcul (bash).
- Méthodes d’ingéniérie des connaissances (RDF).
- Programmation (python).
- Travail avec des environnements de workflow (Galaxy).

Your Work Environment

Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.

La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.
La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.

Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
L'IRISA comme laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

Compensation and benefits

Compensation

De 2 496,98 € et 3 706.14€ selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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