Missions

La personne recrutée intègrera le laboratoire LMGE (UMR 6023 CNRS, équipe BioAdapt). L’objectif est d’explorer l'activité photosynthétique et la production primaire dans les nuages. Il a été démontré que les nuages abritent une grande diversité de micro-organismes vivants (bactéries, champignons, algues, etc.), dont l'activité hétérotrophe contribue à la chimie du carbone organique. L'objectif ici est d'explorer les processus autotrophes (fixation du carbone par photosynthèse), afin d'estimer l'effet puits/source de carbone en lien avec le microbiote des nuages, et sa dépendance aux variables environnementales.

Activités

La personne recrutée participera aux opérations d'échantillonnage des nuages depuis la station atmosphérique du puy de Dôme, au design, à l’organisation et la réalisation les analyses et expériences, à l’analyse et à l’interprétation des données, et contribuera à leur communication (publications, conférences). Les activités et objectifs de recherches sont de :
- Documenter l'abondance et la diversité des phototrophes dans les nuages, avec un focus sur les diatomées, leurs pigments et leur potentiel d'activité photosynthétique, en utilisant des approches culturales, moléculaires (ex. métagénomique, PCR quantitative), la cytométrie de flux et des méthodes de fluorescence (ex : phytopam) ;
- Evaluer le potentiel d’activité photosynthétique dans les nuages, via l’étude des isolats (dépendance à l'intensité lumineuse, à la température, etc).
- Fournir une estimation quantitative de l’ampleur de l’activité photosynthétique dans les nuages, en termes de flux de carbone, par des approches en microcosmes mettant en jeu de l’eau de nuage naturelle et l’utilisation de méthodes telles que l’enrichissement en isotopes stables.

Compétences

Nous recherchons une personne motivée ayant fait la preuve de ses réalisations scientifiques par des publications dans des revues et communications internationales, et autres. Les candidats/candidates doivent avoir soutenu une thèse de doctorat en microbiologie environnementale ou dans un domaine scientifique proche. Une première expérience professionnelle (jusqu’à 2 ans après la thèse) est souhaitée, avec des compétences parmi les suivantes :
- Connaissances générales en microbiologie et physiologie microbienne
- Travail en conditions stériles
- Collecte d’échantillons environnementaux
- Cultures microbiennes (phototrophes)
- Mesures d’activités enzymatiques, analyses physiologiques, métaboliques
- Microscopie, cytométrie en flux
- Métagénomique/ qPCR
- Bioinformatique/ analyse de données de séquençage ADN
- Chimie analytique ; méthodes isotopiques
- Analyses statistiques
- Rédaction de publication en anglais

Contexte de travail

La personne recrutée intègrera l’équipe BioAdapt du LMGE (Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, UMR6023 CNRS UCA, Clermont-ferrand, France), un laboratoire de microbiologie/écologie microbienne, et travaillera de manière proche avec le partenaire LaMP (Laboratoire de Météorologie Physique, UMR6016 CNRS UCA, Clermont-ferrand, France) pour les opérations d’échantillonnage de nuage à la station atmosphérique du sommet du puy de Dôme, et EABX (Écosystèmes aquatiques et changements globaux, UR INRAE, Bordeaux, France) pour l’étude des microorganismes isolés et de leurs caractéristiques génétiques et physiologiques.
Les références suivantes peuvent être consultées pour des exemples de travaux récents des équipes d’accueil :
- Comparative analysis of bacterial diversity in clouds and aerosols : https://doi.org/10.1016/j.atmosenv.2023.119635
- Clouds influence the functioning of airborne microorganisms : https://doi.org/10.5194/bg-22-1257-2025
- Cyanobacteria and algae in clouds and rain in the area of puy de Dôme, Central France : https://doi.org/10.1128/AEM.01850-20
- Assessing the efficiency of water-soluble organic compound biodegradation in clouds under various environmental conditions : https://doi.org/10.1039/d2ea00153e
- Bacterial contribution to nitrogen processing in the atmosphere : https://doi.org/10.5194/egusphere-2025-3534
- Microorganisms in the air through the lenses of atmospheric chemistry and microphysics : https://doi.org/10.5194/bg-22-243-2025

Contraintes et risques

- Echantillonnage de terrain
- Travail sur ordinateur
- Manipulation de souches microbiennes et composés chimiques potentiellement dangereux