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(H/F) Développement d'un outil de calcul d'indicateurs de bioaccumulation dans un cadre réglementaire

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Informations générales

Référence : UMR5558-SANCHA-003
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mardi 11 février 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2643€ brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Développer un nouvel outil robuste et facilement accessible pour l'évaluation du risque de bioaccumulation des substances actives et/ou des métabolites dans les réseaux trophiques via le calcul des facteurs de bioconcentration (BCF), de bioaccumulation (BAF) ou de bioamplification (BMF) à partir des données expérimentales de toxicocinétiques disponibles dans les dossiers d'autorisation de mise sur le marché des substances.

Activités

Ratier et al. 2019 (https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2019.04.080) ont récemment développé un nouveau modèle mathématique toxicocinétique permettant de calcul des BCF/BMF/BAF sur la base de données expérimentales issues des ligne directrices standard (e.g., OCDE 305, 2012). Ce projet a pour objectif d'implémenter ce modèle via une interface Shiny (https://shiny.rstudio.com/) et de le rendre accessible depuis la plateforme MOSAIC (https://mosaic.univ-lyon1.fr/) afin de disposer d'un nouvel outil robuste et facilement accessible pour le calcul des BCF/BMF/BAF et ainsi évaluer le risque de bioaccumulation des substances actives et/ou des métabolites dans les réseaux trophiques. Cet outil sera :
• En accès libre sur internet à toute personne désireuse de calculer un BCF/BMF/BAF ;
• Un modèle open source, développé en langage R ;
• Issu de travaux scientifiques ;
• Intégré dans le cadre plus large de l'utilisation du modèle TKTD en évaluation du risque ;
• Applicable pour tous type d'organisme (modèle polyvalent) et tous types de substances actives ;
• Utilisable pour le calcul des BCF/BMF/BAF.
Les taches réalisées dans ce projet seront :
• Recueil de jeux de données tests (calibration et validation des modèles) ;
• Automatisation du script R pour l'inférence des modèles ;
• Création de l'application Shiny : partie serveur (calculs) puis partie UI (interface) ;
• Tests de l'interface et de ses fonctionnalités ;
• Intégration à la plateforme MOSAIC.

Compétences

Sont exigées des compétences en modélisation et inférence statistique (en particulier inférence bayésienne), ainsi qu'en programmation R. Seront un plus des compétences en écotoxicologie prédictives. Une connaissance approfondie de l'anglais écrit et parlé est indispensable (niveau B2 minimum).

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe « Modélisation et Écotoxicologie PrédictiveS » du Laboratoire de Biométrie – Biologie Évolutive, UMR 5558 du CNRS et de l'université Claude Bernard Lyon I dont les recherches s'organisent autour de deux thèmes fédérateurs : la « Biométrie » et la « Biologie évolutive ». Cette spécificité a présidé à la création du laboratoire et lui confère son originalité. Les résultats scientifiques du LBBE naissent dans la synergie des points de vue méthodologique, dont le cœur est la modélisation tant mathématique qu'informatique, et des perspectives évolutives qui organise les recherches indépendamment du niveau d'organisation biologique. Voir https://lbbe.univ-lyon1.fr/?lang=fr.

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