Missions

L’objectif du post-doctorat est de quantifier et de comprendre les rôles relatifs de l’environnement, de l’histoire de colonisation et des pressions de sélection liées aux différentes phases de l’invasion sur la distribution de la variabilité génomique dans les populations de raton-laveurs (Procyon lotor) en France. Les invasions biologiques d’origine humaine sont l’une des quatre causes majeures d’érosion de la biodiversité. Comprendre les invasions biologiques pour mieux les contrôler est devenu critique pour pallier à la 6ème extinction de masse. Les outils utilisés sont multiples, depuis des données d’occurrence et d’évolution de l’aire de distribution dans les nouveaux environnements jusqu’à l’utilisation massive des données moléculaires pour la reconstruction phylogéographique des populations. Sur ce dernier point, par essence les populations invasives montrent une faible diversité liée à l’effet fondateur, en particulier lorsque la population d’origine est unique résultant en une introduction simple. Cette faible diversité rend plus difficile les études à fine échelle spatiale et la compréhension précise des mécanismes d’invasion lors des premières phases d’introduction et d’expansion. C’est pourquoi la biologie de la conservation et en particulier la biologie des invasions est entrée récemment dans l’ère de la génomique des populations. Ces aspects génomiques de l’invasion biologique offrent une puissance sans précédent pour reconstruire les dynamiques d’invasions mais aussi appréhender les aspects évolutifs de l’invasion, i.e. quels gènes sont sous sélection dans les différentes phases de l’invasion, quel est le potentiel adaptatif des espèces au regard du nouvel environnement …etc. Les avancées récentes en génomique associées au développement des systèmes d’information géographiques de plus en plus précis aboutissent à des données génomiques et environnementales de grande ampleur permettant de combiner la génomique des population, l’écologie du paysage, la modélisation de la distribution des espèces et des flux de gènes dans une discipline récente : la génomique du paysage de plus en plus utile pour comprendre les invasions biologiques.
Dans ce projet, il est proposé de mettre en place une approche de génomique du paysage sur les populations françaises de raton-laveurs (Procyon lotor). Le raton-laveur est présent en France depuis le milieu du XXème siècle et s’est installé à ce jour dans trois populations viables et en expansion (i.e. avec de la reproduction en nature et des aires de distribution continuant d’augmenter) : la population du Nord-Est de la France, la plus ancienne, bien installée, la population du Massif central, installée depuis le début des années 1990, et enfin, la population de Gironde, plus récente car datant du début des années 2010. La population de Gironde est suivie depuis les premières détections en nature et des échantillons couvrent temporellement et spatialement le du processus d’installation et de début de colonisation. Ce monitoring offre une opportunité exceptionnelle de reconstruire les voies d’invasions du raton depuis l’installation jusqu’aux premières phase d’expansion. Nous proposons donc de mettre en place cette approche de génomique du paysage appliquée à la population de Gironde dans un premier temps. Des données génomiques à haut débit seront obtenues par un séquençage ddRadSeq permettant d’obtenir entre 10 000 et 100 000 marqueurs de type SNP offrant une puissance essentielle à la reconstruction démo-génétique de l’installation et de l’expansion du raton dans cette région.
La personne recrutée devra valoriser, sous forme de publications scientifiques dans des revues internationales, les données obtenues en réponse aux questionnements appliqués et fondamentaux de l’équipe encadrante du projet.

Activités

La personne recrutée sera moteur dans l’élaboration des questions scientifiques pertinentes, dans le choix et la mise en pratique des approches analytiques des génotypes. Le ou la candidate cherchera à répondre à toutes ou parties des problématiques suivantes :
- Comprendre quels sont les éléments du paysage qui assurent la continuité fonctionnelle des populations par la recherche des associations entre flux de gènes et type d’habitats. Mieux comprendre quels sont les éléments du paysage qui facilitent les déplacements des raton-laveurs permettra de mettre en place des stratégies de gestion plus adaptées aux déplacements réels des animaux. Des corridors de connectivité fonctionnelle pourront être déterminés aussi pour anticiper les voies de connexion entre cette population de Gironde et celle du Massif central.
- Reconstruire les structures de parenté de la population de Gironde avec des marqueurs haut débit génomiques afin d’estimer la taille de population par des récentes approches de CMR génétique. Une comparaison avec d’autres approches sera faite afin de mieux cerner les meilleurs outils de monitoring de la variation de la taille de population et de l’efficacité des mesures de gestion.
- Identifier le patron des gènes sous sélection en prenant avantage du génome de référence du raton-laveur. Il est a noté qu’une approche comparative avec les 2 autres grandes populations en France est attendue pour cette dernière thématique.

Compétences

- Connaissances approfondies en génétique et génomique des populations ;
- Connaissance et intérêt pour l’écologie des mammifères carnivores, pour la biologie de l’invasion, la biologie de la conservation ;
- Connaissances / intérêt pour la gestion de la faune sauvage et les questions scientifiques finalisées ;
- Maîtrise de la bioinformatique nécessaires au traitement des données brutes de séquençage haut débit (possiblement celle de ddRadSeq)
- Maitrise des méthodologies de la génétique et génomique du paysage ;
- Capacité à travailler activement en collaboration avec des partenaires locaux et distants ;
- Autonomie dans la gestion et l’analyse de données ;
- Maîtrise de l’anglais (niveau C1 du cadre européen de référence pour les langues) et avoir démontré des capacités rédactionnelles en anglais (production d’articles scientifiques) ;
- Capacité à présenter les résultats devant un public de non-scientifiques / gestionnaires de la biodiversité ;

Contexte de travail

Le Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE, UMR CNRS 5558 : https://lbbe.univ-lyon1.fr/) est un laboratoire de, l’Université Claude Bernard Lyon 1, du CNRS et de VetAgro Sup, situé sur le campus de La Doua, à Villeurbanne. Environ 200 personnes participent à la recherche effectuée au LBBE en associant la modélisation mathématique et informatique à des questionnements en écologie évolutive, en génomique et en santé. Le LBBE, laboratoire de premier plan en écologie, possède une longue histoire de collaboration scientifique avec des partenaires en charge d’études et de recherche sur la faune sauvage tel que l’Office Français de la Biodiversité et les gestionnaires de la faune sauvage (Fédérations de chasse, Parcs Nationaux).

La personne recrutée sera le maillon essentiel d’une collaboration étroite et continue avec Jean-François MAILLARD (Office français de la biodiversité, Service Espèces Conservation et Gestion des Espèces à Enjeux), et Sébastien DEVILLARD (équipe « écologie et évolution des populations » du LBBE).

Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle