Missions

Ce contrat s'inscrit dans le cadre du projet ANR « INFER-ANTH » ayant pour objectif d'inférer des étapes inconnues dans l'origine des angiospermes à partir de leurs régulateurs développementaux ancestralisés. Les angiospermes, communément appelées plantes à fleurs et comptant aujourd'hui plus de 300 000 espèces, sont issues d'un groupe non identifié de plantes à graines qui aurait vécu avant le début du Crétacée (il y a 145 millions d’années). L'histoire précoce des angiospermes, au cours de laquelle les caractéristiques des premières fleurs sont apparues, reste très énigmatique. Bien que nous ne disposions d'aucun « outgroup » vivant proche des angiospermes qui pourrait aider à reconstruire leur évolution précoce, nous savons que leur radiation initiale a été précédée d'un événement de duplication du génome entier appelé epsilon. Plusieurs lignées de gènes possiblement issues d’epsilon contrôlent actuellement des aspects du développement floral qui sont présents au moins depuis le MRCA des angiospermes vivantes. Ce projet propose une nouvelle approche d'évo-devo dans laquelle l'histoire évolutive de certaines familles multigéniques sera utilisée pour déterminer l'ordre relatif de l'apparition des caractéristiques plésiomorphes des angiospermes (y compris le carpelle, le tégument externe de l'ovule, l'axe bisexuel, le périanthe et le taux de croissance rapide du tube pollinique) et sa relation avec la duplication du génome entier epsilon. Ces informations peuvent ensuite être utilisées pour choisir entre des candidats alternatifs pour l'ancêtre des angiospermes, connus à partir des archives fossiles, qui possèdent des sous-ensembles distincts de caractéristiques semblables aux angiospermes.
La personne recrutée travaillera au sein d’une équipe de bioinformaticiens de L’Université Lyon 1 en étroite collaboration avec une équipe de biologistes à l’ENS-Lyon pour tester des hypothèses concernant le lien entre des événements d’évolution moléculaire, identifiés ou en cours d’identification, et l’origine de caractères spécifiques des plantes à fleurs. Dans un premier temps, il/elle testera notamment une hypothèse déjà élaborée concernant un rôle putatif pour la famille de facteurs de transcription « YABBY » dans l’origine et l’orientation du tégument externe de l’ovule chez les angiospermes. Ces études impliqueront principalement l’utilisation de techniques de la biologie moléculaire (construction de plasmides, transformation génétique de plantes, hybridation in-situ ARNm etc). Dans un deuxième temps, il/elle pourra être amené/e à tester d’autres hypothèses en cours d’élaboration concernant des gènes de plusieurs familles, y compris des facteurs de transcription à boite MADS (qui régulent entre autres le patterning de l’axe bisexué de la fleur et la production des organes du périanthe) et des inhibiteurs de pectine méthyl-estérases (qui régulent entre autres la vitesse de la croissance du tube pollinique). La personne recrutée aidera également à développer des outils et des ressources utiles au projet, y compris des données transcriptomiques et un protocole de transformation génétique efficace pour l’angiosperme basale Nymphaea thermarum.

Activités

La personne recrutée utilisera diverses méthodes de la biologie moléculaire, y compris des approches in-vivo (ex. la transformation génétique de plantes, suivie de l’analyse phénotypique de celles-ci) et in-vitro (ex. DAP-seq, double hybride en levures). Il/elle sera également amené/e à manier des données de séquences d’ADN et de protéines en utilisant des logiciels standards pour, par exemple, la recherche

Compétences

Nous recherchons une personne ayant une solide expérience en biologie moléculaire des plantes, y compris la construction de plasmides et la transformation génétique de plantes et l’hybridation in-situ. Des compétences en imagerie (ex. microscopie photonique et électronique) seront grandement appréciées pour la caractérisation phénotypique de plantes transgéniques. Une expérience directe en DAP-seq et/ou en double hybride en levures peut être avantageuse. Des compétences pour la manipulation in-silico de séquences d’ADN et de protéines à petite échelle seront nécessaires, alors qu’une capacité à manier des grands jeux de données de séquençage (issus de RNA-seq ou de DAP-seq) peut également être avantageuse. Nous apprécierons particulièrement des personnes ayant l’habitude de penser en termes de l’évolution et du développement des plantes.

Contexte de travail

La personne recrutée intègrera le Laboratoire de Biométrie et Biologie évolutive (https://lbbe-web.univ-lyon1.fr/fr) situé sur le campus universitaire Lyon Tech La Doua à Villeurbanne, elle travaillera au sein de l'équipe Le Cocon en étroite collaboration avec l’équipe thématique « Evolution et développement de la fleur » dans le Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes de l'ENS.

Informations complémentaires

Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle