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Portail > Offres > Offre UMR5558-NATARB-054 - Chercheur/Chercheure (h/F) en génomique comparative et évolutive bactérienne

Chercheur/Chercheure (h/F) en génomique comparative et évolutive bactérienne

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 8 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR5558-NATARB-054
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mercredi 18 janvier 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2833 et 4003 € brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'analyse des génomes bactériens offre d'innombrables possibilités pour comprendre l'évolution de ces organismes. Le contenu en gène, dicté par une dynamique rapide de perte ou d'acquisition de gènes, renseigne ainsi sur les capacités métaboliques et plus généralement sur les interactions avec l'environnement abiotique (température, pH,…) ou biotique (compétition, parasitisme, mutualisme). Ces analyses sont donc particulièrement pertinentes pour comprendre les bases génétiques et évolutives des transitions entre différents modes de vie.
Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée aura en charge un large jeu de données de séquence obtenues à partir de différentes espèces et souches de bactéries impliquées dans des interactions mutualistes nutritionnelles avec des tiques. Elle aura en charge, en autonomie, l'ensemble du traitement de ces données, depuis leur assemblage jusqu'à l'analyse fonctionnelle et évolutive de ces génomes. Il s'agira en particulier d'éclairer la dynamique évolutive des interactions symbiotiques. En effet, alors que ces symbioses ont longtemps été considérées comme extrêmement stables, elles présentent un caractère très dynamique chez les tiques, avec notamment de multiples remplacements entre des bactéries des genres Coxiella et Francisella, dont certaines sont pathogènes et vectorisées par des tiques.

Activités

- Assemblage et annotation des génomes produits au moyen de pipelines automatisés.
- Recherche d'éléments génétiques associés aux interactions avec les hôtes (ilôts de pathogénicité, voies de biosynthèse) ou d'autres bactéries (e.g. système à deux composants...).
- Reconstruction de génomes ancestraux et des pan-génomes.
- Reconstruction des réseaux métaboliques
- Analyse de la dynamique des génomes (transferts horizontaux, pseudo-genisation et pertes de gènes).

Compétences

- Compétences approfondies en bioinformatique et génomique bactérienne.
- Connaissances en écologie évolutive microbienne dans un contexte symbiotique.
- Bonne connaissance des outils d'annotation de génomes.
- Environnement de travail Linux/Unix et utilisation de grappes de calcul.
- Ecriture d'articles scientifiques et présentation d'exposés dans des conférences internationales.

Contexte de travail

Ce recrutement se situe dans le cadre du projet MICROM, financé par l'ANR (Coord. O. Duron, MIVEGEC, Montpellier ; partenaires LBBE et EBI (Poitiers)). MICROM vise à identifier les facteurs qui contribuent à ces remplacements entre symbiotes en utilisant des approches de génomique, transcriptomique, imagerie in vivo et in vitro. Le présent contrat se déroulera au sein du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE, UMR CNRS 5558), et impliquera des contacts et réunions fréquentes avec les autres partenaires du projet MICROM. Le LBBE offre un environnement stimulant qui se caractérise par sa capacité à intégrer des problématiques d'écologie et d'évolution avec des développements méthodologiques innovants, notamment en génomique et phylogénie. Ce projet s'inscrit parfaitement dans cette logique d'interface et bénéficiera de récents développements dans le cadre des méthodes de réconciliation et de ses applications aux interactions symbiotiques. Il bénéficiera également des excellentes infrastructures informatiques du laboratoire.

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