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Portail > Offres > Offre UMR5558-NATARB-038 - Chercheur·se (H/F) en génomique de bactéries symbiotiques de tiques

Chercheur·se (H/F) en génomique de bactéries symbiotiques de tiques

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 10 octobre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5558-NATARB-038
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : lundi 19 septembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 décembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2833 et 4003 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Ce recrutement se situe dans le cadre du projet MICROM, financé par l'ANR (Coord. O. Duron, MIVEGEC, Montpellier ; partenaires LBBE et EBI (Poitiers)). MICROM vise à analyser la dynamique évolutive des interactions symbiotiques, en utilisant comme modèle la symbiose nutritionnelle entre les tiques et des bactéries intracellulaires.
Alors que ces symbioses ont longtemps été considérées comme extrêmement stables, elles présentent un caractère très dynamique chez les tiques, avec notamment de multiples remplacements entre des bactéries des genres Coxiella et Francisella. Ce système sera utilisé pour identifier les facteurs qui contribuent à ces remplacements entre symbiotes en utilisant des approches de génomique, transcriptomique, imagerie in vivo et in vitro.
La personne recrutée participera au volet génomique du projet et aura pour objectif d'assembler, annoter et analyser une collection de génomes de symbiotes de tiques, en particulier des genres Coxiella et Francisella dont les séquences sont déjà disponibles. Elle utilisera pour cela des approches de génomique comparative et de phylogénie.

Activités

- Assemblage et annotation des génomes produits au moyen de pipelines automatisés.
- Recherche d'éléments génétiques associés aux interactions avec les hôtes (ilôts de pathogénicité, voies de biosynthèse) ou d'autres bactéries (e.g. système à deux composants...).
- Reconstruction de génomes ancestraux et des pan-génomes.
- Analyse de la dynamique des génomes (transferts horizontaux, pseudo-genisation et pertes de gènes).

Compétences

- Compétences approfondies en bioinformatique et génomique bactérienne.
- Connaissances en écologie évolutive microbienne dans un contexte symbiotique.
- Bonne connaissance des outils d'annotation de génomes.
- Environnement de travail Linux/Unix et utilisation de grappes de calcul.
- Ecriture d'articles scientifiques et présentation d'exposés dans des conférences internationales.

Contexte de travail

Le contrat se déroulera au sein du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE, UMR CNRS 5558), mais impliquera des contacts et réunions fréquentes avec les autres partenaires du projet MICROM. Le LBBE offre un environnement stimulant qui se caractérise par sa capacité à intégrer des problématiques d'écologie et d'évolution avec des développements méthodologiques innovants, notamment en génomique et phylogénie. Ce projet s'inscrit parfaitement dans cette logique d'interface et bénéficiera de récents développements dans le cadre des méthodes de réconciliation et de ses applications aux interactions symbiotiques. Il bénéficiera également des excellentes infrastructures informatiques du laboratoire.

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