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Post-doctorant.e (H/F) : Evolution et fonctionnalité des ARNs non-codants chez les mammifères placentaires.

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Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5558-ANANEC-001
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mercredi 9 octobre 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 décembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2643 et 3766 € bruts mensuels selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le.a post-doctorant.e recruté.e effectuera des analyses de génomique et transcriptomique comparative pour identifier des ARNs non-codants impliqués dans la régulation de l'expression des gènes chez les mammifères placentaires. Ce post-doctorat s'inscrit dans le cadre du projet ANR LncEvoSys, qui propose d'évaluer la fonctionnalité des longs ARNs non-codants avec une approche évolutive.

Activités

Tâches principales :
• Annotation d'ARNs non-codants (longs ARNs non-codants et micro-ARNs) dans les génomes de mammifères, à partir de données de séquençage de transcriptome (RNA-seq).
• Analyse de l'expression des gènes codants et non-codants à partir de données de séquençage de transcriptome (RNA-seq).
• Analyse de l'évolution des gènes et identification de gènes nouvellement apparus dans la lignée des mammifères placentaires.
• Détection de duplication de gènes et de régions génomiques, apparues dans la lignée des mammifères placentaires.
• Prédiction d'un réseau de régulation spécifique des mammifères placentaires, faisant intervenir gènes codants et non-codants.
La personne recrutée sera co-responsable de ces tâches, avec Anamaria Necsulea.

Tâches secondaires :
• Participation à des conférences nationales et internationales, avec présentation orale ou sous forme de poster.
• Participation aux animations internes de l'équipe et du laboratoire (présentation de bibliographie, séminaires internes, formations, etc.).
La personne recrutée sera responsable de ces tâches.

Compétences

• Maîtrise des méthodes d'analyse bioinformatique des données de séquençage de génome et de transcriptome.
• Maîtrise des méthodes d'analyse bioinformatique de l'évolution des gènes et de génomes (reconstruction phylogénétique, détection de duplications).
• Bonne connaissance du logiciel R pour les statistiques et les représentations graphiques.
• Maîtrise d'un deuxième langage de programmation (Python, Perl, C++), pour le traitement de données volumineuse de séquençage.

Contexte de travail

Le post-doctorat s'effectuera au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (CNRS, Université Claude Bernard – Lyon 1, VetAgroSup), au sein de l'équipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive (BPGE). Le laboratoire regroupe une centaine de membres permanents, qui s'intéressent à des thématiques variées dans le domaine de l'évolution, de l'écologie et de la santé. Les grands axes de recherche de l'équipe BPGE sont l'évolution et le fonctionnement des génomes, le fonctionnement des systèmes biologiques complexes, la paléogénomique et la reconstruction de l'arbre de la vie, ainsi que le développement de méthodes et bases de données pour la génomique comparative et la phylogénie.

Le.a post-doctorant.e recruté.e sera encadré.e par Anamaria Necsulea au sein de l'équipe BPGE.

Contraintes et risques

Aucune contrainte ou risque particulier.

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