Missions

L’IE rejoindra un projet ANR visant à mieux comprendre les processus de coalescence des communautés microbiennes dont formes pathogènes au sein de bassins-versants mixtes et urbains impactés par les pollutions agricoles et urbaines. Des travaux sur isolats bactériens en génomique comparative seront réalisés pour inférer des propriétés clés explicatives des biais de répartition des bactéries dont les capacités de dégradation de certains polluants

Activités

(1) Collecte et traitement de prélèvements de terrain de stations expérimentales diverses dont OTHU incluant référencement, stockage, et préparation pour analyses microbiologiques et moléculaires ; participation à l’entretien des matériels de collecte et mesure de terrain
(2) Préparation et réalisation de dénombrements d’indicateurs bactériens de la contamination fécale et d’espèces pathogènes opportunistes (prélèvements d’eau, sédiments et sols)
(3) Extraction d'ADN / ARN de prélèvements environnementaux, analyses qPCR, RT-qPCR & PCR, analyse de génomes bactériens
(4) expérimentations en culture cellulaire
(5) Rédaction de bilans pour partenaires dont métropole de Lyon et OTHU+ dépôts de données dans archives nationales et internationales ; rapports en anglais présentant sous forme d’article les résultats obtenus dans le cadre des missions
(6) Analyser et interpréter les résultats
(7) veille bibliographique en lien avec le projet

Compétences

- Ecologie moléculaire & génomique environnementale
- Bactériologie générale, physiologie et génétique bactérienne
- Biologie moléculaire (PCR, RT-qPCR)
- Manipulation en laboratoires P2
- Tests statistiques, utilisation de script R ; bio-informatique

Contexte de travail

Les missions s'effectueront sur deux sites de l'UMR Ecologie Microbienne - Lyon: (i) VetAgro Sup (80%), et bâtiment Dubois, campus Doua, UCBL (20%). Les travaux s'inscriront dans le champ thématique de la microbiologie urbaine, et l'étude des conséquences de l'urbanisation sur la dissémination et l'enrichissement de bactéries pathogènes sur les surfaces urbaines. Les travaux seront sous la direction de B. Cournoyer (DR CNRS) qui est responsable d'une équipe de recherche au sein de l'UMR Ecologie Microbienne de Lyon. Ils bénéficieront d'un environnement très favorable avec un réseau de collaborateurs déjà établi, et des laboratoires de qualité répondant aux normes de sécurité nécessaires pour la manipulation de bactéries pathogènes.
De plus, nous proposons sur les deux sites:
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun + parking privé