Missions

Le jeune chercheur (H/F) sera intégré(e) au sein de l’équipe Rhizo du laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec C. Prigent-Combaret, DR CNRS, coordinatrice d’un projet innovant ‘SensOrCol’, soutenu par le programme de prématuration du CNRS, et avec les membres de la plateforme du Centre d’Etude des Substances Naturelles (CESN). Il/elle aura à (i) développer une méthode de criblage haut-débit du comportement de cultivars de colza face à Phelipanche ramosa, et (ii) identifier les mécanismes moléculaires mis en jeu dans l’interaction entre différents cultivars de colza utilisés en France et une bactérie phytobénéfique. Des approches de métabolomique sur les différents partenaires d’interaction seront utilisées pour identifier le dialogue moléculaire impliqué dans l’interaction bactérie phytobénéfique / colza / P. ramosa. Les niveaux de colonisation de la rhizosphère des colzas par une souche phytobénéfique seront comparés comme décrit dans une étude précédente (Valente et al. 2020 Plant Cell Environ 43:246).

Activités

Les principales activités concerneront :
- l’identification des cultivars de colza à inclure dans l’étude et l’obtention de ces cultivars auprès des producteurs de semences de colza
-la mise en place de cultures, en parallèle, d’un grand nombre de cultivars de colza en chambre climatique
-le criblage haut-débit des interactions colza-bactérie phytobénéfique et la comparaison des niveaux de colonisation des colzas par une bactérie phytobénéfique
-l’analyse ciblée des réponses métabolomiques des colzas à la bactérie phytobénéfique après avoir standardisé une méthode UPLC-QToF, sensible et robuste, sur la plateforme CESN du laboratoire d’Ecologie Microbienne
-le traitement statistique des données et la présentation des résultats

Compétences

-Compétences techniques en microbiologie, écologie microbienne et métabolomique avec une bonne connaissance des interactions plante-bactérie et des stratégies de protection biologique des plantes contre les plantes phytoparasites
-Connaissance du métabolisme secondaire des Brassicacées et/ou de l’écologie des plantes phytoparasites de la famille des orobanches serait un plus
-Aisance pour la rédaction de rapports et d’articles scientifiques
-Motivation, assiduité, dynamisme et rigueur
-Curiosité scientifique et créativité
-Capacité à travailler à la fois en autonomie mais également en collaboration au sein d’une équipe dynamique, regroupant un grand nombre de nationalités
-Fort intérêt pour l’innovation dans le domaine de la protection des plantes, la valorisation des travaux de recherche et le transfert technologique.
-Bilingue Anglais-Français

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Écologie Microbienne (LEM) du CNRS à Lyon est un centre de recherche internationalement reconnu pour ses travaux à l’interface entre science et innovation, portant sur l'étude des interactions complexes entre les micro-organismes et leur environnement.
Au LEM, nous explorons les mécanismes fondamentaux des interactions microbiennes, de l'échelle moléculaire à celle de l'écosystème. Nos recherches répondent à des enjeux sociétaux majeurs, tels que le changement climatique, la résistance aux antibiotiques, la bioremédiation des sols et des eaux, ainsi que la protection agro-écologique des cultures.

Nous vous proposons un contrat de 20 mois pour développer un projet innovant soutenu par le programme de prématuration du CNRS pouvant aboutir à un transfert technologique dans le domaine de la protection des cultures.

Nous vous proposons :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an
• Des formations adaptées pour vous accompagner
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Participation financière au frais de mutuelle »

En complément : merci d’envoyer votre CV (sur lequel apparait le nom de 3 personnes référentes), accompagné d’une lettre de motivation et de lettres de recommandation à claire.prigent-combaret@univ-lyon1.fr

Contraintes et risques

RAS