Missions

Dans le cadre du projet ANR d'équipe FunAdapt, nous sommes à la recherche d'un assistant ingénieur (H/F) avec une bonne expérience en biologie moléculaire et un intérêt pour l'évolution des microorganismes et le séquençage long-reads. Etant donné que les maladies infectieuses fongiques émergentes constituent de graves menaces pour la santé publique et la faune, la sécurité alimentaire et la stabilité des écosystèmes, il n'a jamais été aussi urgent de comprendre l'évolution des champignons et leurs adaptations aux facteurs biotiques et abiotiques.
L'objectif de ce projet est (1) de caractériser l'architecture, le contenu et la variabilité du génome d'une espèce de champignon pathogénique (Pseudogymnoascus destructans), (2) d'identifier les régions génomiques du pathogène qui sont impliquées dans l'adaptation locale et celles qui sont en particulier associées aux adaptations biotiques et abiotiques clés, (3) identifier les caractéristiques génomiques qui différencient les espèces pathogènes et non pathogènes, et (4) caractériser la relation entre les traits d'histoire de vie, les propriétés du génome et les processus évolutifs à travers les Ascomycètes.
La personne recrutée sera en charge de coordonner l'acquisition des données moléculaires du projet en coordination avec les permanents responsables du laboratoire.

Activités

- Biologie moléculaire : Extraction d’acides nucléiques (ADN) long fragment pour séquençage de génomes complets par la technologie Oxford Nanopore (ONT). Construction de librairies short- et long-reads.
- Séquençage : séquençage des librairies long-reads sur GridION (ONT), contrôle et transfert des données.
-Culture : préparation de milieu de culture, mise en culture du champignon et maintien des cultures.
- Gestion des échantillons : Gestion des échantillons biologiques du projet. Mise à jour régulière d’une base de données existante référençant les échantillons du projet et du plan de gestion des données (PGD)
- Gestion du laboratoire : Gestion des stocks de consommables, maintenance des appareils, commandes.
- Encadrement : Formation d’étudiants dont les projets nécessiteront l’acquisition de données moléculaires.

Compétences

- Autonomie technique en biologie moléculaire.
- Connaitre et appliquer les règles d’hygiène et sécurité.
- Grande rigueur et minutie dans le travail.
- Bon sens de l’organisation.
- Capacité d’intégration et de travail en équipe.
- Maîtrise de l’anglais scientifique écrit.
- Envie d’apprendre, de s’améliorer, de poser des questions et d’y répondre.
- Des notions de cultures cellulaires seraient appréciées.

La liste d’activités envisagées dans le projet étant relativement exhaustive et variée, nous sommes à la recherche d’une personne avec si possible une expertise préalable en biologie moléculaire et une expérience du travail en laboratoire.

Contexte de travail

Depuis plus de 30 ans, l’Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier (ISEM - UMR 5554 - https://isem-evolution.fr/) (Campus Triolet, Université de Montpellier, CNRS, IRD, CIRAD) développe des recherches qui portent sur l’origine et la dynamique de la biodiversité, et sur les modalités et les mécanismes de son évolution.

Le poste est financé par le projet ANR équipe FundAdapt. Ce projet, s’intégrant parfaitement dans les thématiques de recherche de l’ISEM, sera porté par l’équipe Phylogénie et Evolution Moléculaire (PEM - https://isem-evolution.fr/equipe/equipe-phylogenie-et-evolution-moleculaire/).
Les expérimentations seront conduites dans un des trois laboratoires mutualisés de biologie moléculaire de l’ISEM.