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Assistant ingénieur : séquençage haut-débit de papillons (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
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Informations générales

Référence : UMR5554-FABCON-002
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 10 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : autour de 1950 € bruts mensuels
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Dans le cadre du projet ERC GAIA, nous sommes à la recherche d'un(e) technicien(ne) de recherche avec une expérience dans la biologie moléculaire, l'extraction d'ADN, la préparation de librairies génomiques, et le séquençage haut débit. L'objectif principal du projet est d'étudier et comprendre les mécanismes qui sous-tendent l'adaptation et la diversification d'insectes phytophages, avec le cas particulier des papillons de jour de la famille Papilionidae qui se nourrissent de plantes toxiques à l'état larvaire. Le projet propose une approche intégrative pour répondre à cette question en combinant l'étude de la phylogénie, des génomes, et des transcriptomes de la famille. Le(la) candidat(e) sera en charge de générer les données moléculaires (génomes) du projet en collaboration avec l'ingénieure responsable du laboratoire et des étudiants(es) en thèse, en charge de l'analyse des données. Les données moléculaires consisteront en (1) des génomes de référence pour tous les genres de la famille en combinant des technologies de séquençage de longs et cours fragments, et (2) des génomes fragmentés pour la totalité des espèces obtenus par re-séquençage via des technologies de séquençage de cours fragments.

Activités

- Terrain : Possibilité de participer à des missions de collectes d'échantillons.
- Gestion de bases de données : Sélection, suivi, et annotation d'informations pour les spécimens utilisés/séquencés.
- Extraction d'ADN/ARN : Un travail conséquent d'extraction d'ADN/ARN sera demandé, et il ne sera pas possible de réaliser cela en routine ou avec des kits industriels.
- Préparation de librairies : De même, une part importante du travail consistera à préparer des librairies génomiques en vue du séquençage soit par technologie Illumina pour obtenir des séquences courtes, soit technologie Oxford Nanopore (séquenceur MinION portatif) pour obtenir des séquences longues.
- Séquençage : Les librairies réalisées seront envoyées à un prestataire de service en vue du séquençage Illumina. Le séquençage Nanopore sera réalisé in situ au laboratoire. Coordination des projets de séquençage en interaction avec les différentes personnes, plateformes et centre de séquençage impliqués dans le projet.
- Analyses : Analyses préliminaires de données génomiques pour contrôler la qualité du séquençage, pour détecter des contaminations, ou encore assembler des génomes mitochondriaux.
- Publications : Participation à la publication d'articles scientifiques.
- Autres : Préparer l'appareillage et effectuer les contrôles et réglages systématiques. Gérer les stocks et les commandes.

Compétences

- Expérience exigée sur les bases et concepts en biologie moléculaire
- Expérience sur l'extraction d'ADN en conditions non routinières (ex. insectes de collections)
- Expérience souhaitée dans la préparation de librairies génomiques. Le(la) candidat(e) devra avoir un fort intérêt pour apprendre et maîtriser ces compétences.
- Expérience souhaitée dans le séquençage à haut débit (Illumina et Nanopore). Le(la) candidat(e) devra avoir un fort intérêt pour apprendre et maîtriser ces compétences.
- Capacité de travail individuel avec une grande rigueur (ex. entretient du laboratoire, tenu d'un cahier de laboratoire au quotidien).
- Capacité d'intégration et de travail en équipe (ex. communication régulière par mail ou réunion).
- Intérêt pour l'entomologie.
- Notions de logiciels bureautiques (ex. Word, Excel), et éventuellement des notions de logiciels d'analyse (ex. Geneious) et/ou de l'environnement R.
- Notions de l'anglais scientifique, oral et écrit.

Contexte de travail

Le projet ERC GAIA est porté par Fabien Condamine (https://fabiencondamine.org/) de l'équipe Phylogénie et Evolution Moléculaire au sein de l'Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (ISEM) UMR 5554 CNRS-UM-IRD-EPHE (http://www.isem.univ-montp2.fr/), situé à l'Université de Montpellier. Ce projet intégratif fait l'objet de réunions régulières avec les autres personnes impliquées au sein du laboratoire auxquelles le(la) candidate devra participer.

Contraintes et risques

- Manipulations de produits chimiques
- Travail de routine

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