Ingénieur de recherche (H/F) – Coordination technique en génomique environnementale – PEPR DYNABIOD

Job Description

Missions

L’agent sera chargé de contribuer à l’animation technique et scientifique du PT1 (Pôle Transverse Génomique Environnementale) du PEPR DYNABIOD, en appui de Lucie Zinger, responsable scientifique du pôle génomique et sous la supervision de Stephen Mulero, au Laboratoire d’Écologie Alpine. Il/elle assurera :
• L’animation et la coordination au sein du réseau des partenaires du PT1, en lien avec l’ensemble des acteurs impliqués.
• Le suivi rigoureux des expérimentations réalisées dans le cadre de DYNABIOD, en particulier au LECA, en appui des équipes locales.
• Le développement et l’optimisation de workflows de biologie moléculaire pour traiter les échantillons des projets ciblés et du PT1.
• La gestion des flux d’échantillons, la coordination entre les partenaires du PT1, et les arbitrages techniques nécessaires à la bonne exécution des projets.
• Un rôle à responsabilités allant au-delà de la simple réalisation de manipulations en laboratoire.

Activity

Animation et coordination du PT1 :
• Participer à l’organisation et à l’animation des activités du réseau des partenaires du PT1.
• Assurer la coordination entre les partenaires pour harmoniser les pratiques et résoudre les blocages techniques.
• Contribuer aux prises de décision pour les arbitrages techniques et la gestion des priorités.

Suivi et optimisation des manipulations :
• Superviser et assurer le suivi des expérimentations réalisées chez les partenaires, en particulier au LECA, en interaction avec la responsable scientifique du pôle et un autre agent dédié à Dynabiod et basé au CRBE (Toulouse).
• Proposer des améliorations pour les protocoles de biologie moléculaire (extraction ADN, préparation de librairies, séquençage) afin d’optimiser les flux d’échantillons.
• Anticiper les besoins liés à l’augmentation du volume d’échantillons à traiter.

Développement méthodologique :
• Adapter et optimiser les protocoles pour répondre aux exigences des projets ciblés du PEPR DYNABIOD.
• Organiser et participer à des tests inter-laboratoires pour valider de nouvelles méthodes ou technologies (ex : séquençage haut débit, automatisation).
• Documenter les procédures et contribuer à la rédaction de guides de bonnes pratiques et de protocoles standardisés.
• Centraliser les informations relatives aux expérimentations et aux documents techniques associés.

Gestion des flux et mutualisation :
• Superviser la logistique (stockage ADN, gestion des équipements mutualisés, robotique).
• Participer à la montée en puissance des plateformes partenaires pour répondre aux besoins du projet.
Veille et collaboration :
• Maintenir une veille scientifique et technologique dans le domaine de la génomique environnementale.
• Représenter le PT1 dans les instances nationales dans lesquelles figure le PEPR DYNABIOD

Your Profil

Skills

Savoirs :
• Expertise en biologie moléculaire :
• Maîtrise des techniques d’extraction ADN environnemental/ancien, PCR/qPCR/dPCR, et séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, MGI).
• Connaissance des méthodes de metabarcoding, captures UCE/exons, et construction de référentiels (génomes d’organelles).
• Connaissances en écologie moléculaire : enjeux liés à la biodiversité, aux échantillons complexes (fèces, contenus digestifs), et aux ADN dégradés.
• Anglais scientifique : Niveau B2-C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).

Savoir-faire :
• Animation de réseau technique : Expérience en coordination multi-partenaires (laboratoires, plateformes, réseaux).
• Gestion de projet : Capacité à piloter des workflows complexes et à prioriser les tâches en contexte dynamique.
• Développement méthodologique : Expérience en optimisation de protocoles et en évaluation de nouvelles technologies.
• Outils collaboratifs : Notions dans l’utilisation de bases de données (ex : LIMS, Collection Science, protocols.io).

Savoir-être :
• Esprit d’équipe : Capacité à collaborer avec des acteurs aux expertises variées.
• Rigueur et organisation : Gestion multi-projets avec échéances serrées et arbitrages techniques.
• Esprit d’initiative : Force de proposition pour anticiper les besoins du projet.
• Adaptabilité : Réactivité face aux défis méthodologiques et aux changements de priorités.

Your Work Environment

Le PEPR DYNABIOD (2023–2030) vise à comprendre les dynamiques de la biodiversité terrestre via des approches intégratives, avec un rôle clé pour la génomique environnementale. Le PT1 (Pôle Transverse Génomique Environnementale), piloté par Lucie Zinger, rassemble un réseau de partenaires (LECA, CRBE, Genoscope, EcoGenO, SSM, CBGP, CEFE, etc.) pour :
• Standardiser les protocoles de préparation de librairies et de séquençage haut débit (metabarcoding, référentiels, diagnostics d’interactions).
• Créer un réseau distribué pour le séquençage et optimiser la mutualisation des équipements (séquenceurs, robotique, congélateurs, dPCR).
• Relever les défis méthodologiques : traitement d’ADN dégradé/faible quantité, organismes non-modèles, et traitement massif d’échantillons.

Ce poste contribue à l’animation du PT1 et participe à la production des livrables : protocoles validés, workflows, guides de bonnes pratiques, et formations. L’agent sera pleinement investi dans le projet, en collaboration avec la responsable scientifique et les équipes locales, pour assurer le bon déroulement des développements et anticiper les besoins futurs. Un travail en étroite interaction avec un profil similaire basé au CRBE est prévu.

ENVIRONNEMENT DU POSTE :
L’ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod. Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche.
Le poste sera basé au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble. Vous rejoindrez l’équipe de la plateforme eDNA « ADN environnemental » mais serez amené à intégragir régulièrement avec les autres membres du Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod.

Constraints and risks

• Risques liés au travail sur écran
• Risques biologiques et chimiques liés au travail en laboratoire, en particulier au expérimentations de biologie moléculaire.
• Déplacements fréquents sur l’ensemble du territoire national pour des réunions techniques, des missions de coordination ou des formations.
• Télétravail partiel possible selon les besoins du service.

Compensation and benefits

Compensation

à partir de 3143,64€ bruts par mois selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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