Missions

L'IR recruté.e assurera le développement et l'implémentation d'un pipeline permettant de traiter des images d'IRM fonctionnelle d’activations neuronales à l’intérieur d’un container isolant protégeant les données. Il s’agira de développer ce pipeline sous Matlab en faisant appel à la toolbox SPM (Statistical Parametric Mapping). Ce développement se décomposera en deux étapes majeures :
- une étape de pré-traitement des IRM fonctionnelles
- une étape d'analyse statistique des données pré-traitées

Activités

Tâches principales:
- Familiarisation avec le pipeline Matlab à containeriser
- Optimisation du pipeline afin d’améliorer le temps de calcul
- En collaboration avec les autres participants du consortium européen, implémentation du pipeline afin qu’il soit exécutable dans le container qui sera retenu
- Compilation de tous les pipelines de traitement d’images produits (matlab, R, ...) au-delà des environnements Linux
Tâches secondaires:
- Présentation du projet européen SIESTA à l'ensemble du personnel du CerCo
- Accompagnement des personnels du CerCo dans la phase de test du pipeline

Compétences

- Maîtrise de l'environnement et du langage de programmation Matlab
- Maîtrise de l'environnement Linux
- Fortes compétences en analyse et traitement d'images
- Maîtrise de la toolbox Statistical Parametric Mapping (sous Matlab)
- Compétences de communication en anglais, à l'écrit et à l'oral
- Compétences organisationnelles et relationnelles

Contexte de travail

Le CerCo est un laboratoire de recherche en neurosciences situé dans le CHU Purpan. Le laboratoire compte plus d'une centaine de membres travaillant sur des thématiques de recherche allant de la perception sensorielle à la mémoire et la conscience, et utilisant une grande variété d'approches méthodologiques (comportement, imagerie, électrophysiologie, modélisation entre autres).
Le CerCo participe au consortium européen SIESTA de conception d’une plateforme internationale de traitement sécurisé de données de recherche en environnement virtuel. Les missions de l'IR s'inscrivent dans le cadre de ce consortium. Elle ou il intègrera le service de Pilotage des plateformes expérimentales, sous la supervision de la responsable de ce service et de la directrice du laboratoire. Une collaboration étroite avec les membres européens du consortium est attendue, grâce à des visioconférences régulières.