Ingénieur en analyse d’images et traitement de données – Thérapie génique (H/F)

Job Description

Missions

Dans le cadre d’un projet international de thérapie génique pour le syndrome de Dravet, l'agent contribuera activement à l’évaluation des vecteurs viraux développés au laboratoire, en particulier à travers :
• Le développement, l’implémentation et l’optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux.
• L’analyse d’images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction.
• La participation à l’analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques.
• L’intégration des résultats d’imagerie et d’analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l’injection des vecteurs viraux.
• La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations).
• Concevoir et développer des applications et outils logiciels dédiés à l'analyse d'images (interfaces utilisateur, plugins, scripts packagés), permettant aux biologistes de l'équipe d'exécuter les pipelines de façon autonome.

Activity

◦ Prétraitement, segmentation et quantification d’images issues d’immunohistochimie et d’immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins).
◦ Utilisation de logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R).
◦ Développement ou adaptation de workflows automatisés pour l’analyse d’images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d’intensité et la cartographie des signaux.
◦ Contribution à l’analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d’imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire).
◦ Collaboration étroite avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu’avec la plateforme d’analyse de l’IGMM.
◦ Participation à l’interprétation biologique des données et à la formulation d’hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux.
◦ Documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participation à la diffusion scientifique des résultats.
◦ Développement, test et maintenance d'applications d'analyse d'images (par ex. plugins Fiji/ImageJ, extensions QuPath, applications Python), incluant la gestion des versions (Git) et la rédaction de la documentation utilisateur.

Your Profil

Skills

Formation et expérience
Niveau de formation requis :
◦ Licence (bac+3) avec 3 à 5 ans d'expérience en analyse d'images biologiques.
◦ Maîtrise des outils d’analyse d’images (Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik…).
◦ Connaissances de base en programmation scientifique (Python, R).
◦ Capacité à gérer des workflows analytiques et à produire des rapports clairs et reproductibles.
◦ Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral et à l’écrit

Compétences attendues :
Compétences techniques
◦ Maîtrise des outils d’analyse d’images microscopiques : Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik.
◦ Compréhension des principes de microscopie fluorescence et confocale ; capacité à dialoguer avec des spécialistes de l’imagerie.
◦ Expérience dans le développement ou l’adaptation de workflows d’analyse semi-automatisés.
◦ Connaissances de base en programmation scientifique : Python ou R (ex. : gestion d’images, traitement de fichiers, visualisation de données).
◦ Une première exposition à l’analyse de données de transcriptomique (bulk/single-cell) ou spatiale est un atout.
◦ Capacité à produire une documentation technique claire, à assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses.
◦ Expérience en développement d'applications ou d'outils logiciels pour l'analyse d'images biologiques, de la conception à la mise à disposition des utilisateurs.
Compétences transversales
◦ Rigueur, sens de l’organisation et autonomie dans la gestion de tâches techniques.
◦ Curiosité scientifique et volonté d’apprendre des outils et méthodes variés.
◦ Bon relationnel et aptitude à travailler en interface avec des biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs en imagerie et personnels de plateformes.
◦ Capacité à s’adapter aux évolutions des besoins du projet (nouveaux outils, nouvelles données).
◦ Compétences en communication écrite et orale, en anglais (lecture de publications, rédaction de protocoles, échanges en consortium international).
Autres compétences appréciées
Contraintes et risques :
• Travail prolongé sur écran.
• Respect des échéances liées au calendrier du projet et aux réunions du consortium international.
• Respect des règles de confidentialité et de sécurité des données du projet (données non publiées, stockage et sauvegarde sur les infrastructures de l'institut).

Your Work Environment

L'equipe "Adénovirus : Récepteurs, Trafic Intracellulaire et Vectorologie" dirigée par Eric Kremer à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM) est reconnu pour ses travaux sur les vecteurs viraux innovants, en particulier les adénovirus canins (CAV-2), destinés à la thérapie génique du système nerveux central. Grâce au soutien de la Dravet Syndrome Foundation, un projet international a été lancé pour développer des vecteurs viraux permettant de restaurer l’expression du gène SCN1A, dont la mutation est responsable du syndrome de Dravet.
Ce projet vise également à mettre en place un système de cartographie des réseaux cérébraux modifiés après injection des vecteurs, en ciblant notamment des sous-populations neuronales, y compris — mais sans s’y limiter — les neurones GABAergiques, dans le but de moduler les réseaux neuronaux impliqués dans la maladie.
La personne sera impliquée dans le développement et la mise en œuvre de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction dans différentes régions du cerveau et prédire les effets de l’édition génétique. Il/elle participera également à l’analyse de données issues du séquençage d’ARN et de la transcriptomique spatiale, sous la supervision du responsable de projet et en collaboration avec la plateforme locale de l’IGMM.

Compensation and benefits

Compensation

A partir de 2 521€ brut mensuel, ajustable selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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