Missions

Dans le cadre d’un projet international de thérapie génique pour le syndrome de Dravet, l’agent contribuera activement à l’évaluation des vecteurs viraux développés au laboratoire, en particulier à travers :
• Le développement, l’implémentation et l’optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux.
• L’analyse d’images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction.
• La participation à l’analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques.
• L’intégration des résultats d’imagerie et d’analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l’injection des vecteurs viraux.
• La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations).

Activités

- Gérer le prétraitement, segmentation et quantification d’images issues d’immunohistochimie et d’immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins).
-Utiliser les logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R).
- Développer ou adapter des workflows automatisés pour l’analyse d’images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d’intensité et la cartographie des signaux.
- Contribuer à l’analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d’imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire).
- Collaborer étroitement avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu’avec la plateforme d’analyse de l’IGMM.
- Participer à l’interprétation biologique des données et à la formulation d’hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux.
- Gérer la documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participer à la diffusion scientifique des résultats.

Compétences

- Bac+ 2 (ou plus) en biologie moléculaire, cellulaire, biochimie, biotechnologies ou disciplines similaires.
- Maîtrise des outils d'analyse d'images (Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik…).
- Connaissances de base en programmation scientifique (Python, R).
- Intérêt ou expérience en analyse de données transcriptomiques ou spatiales.
- Capacité à gérer des workflows analytiques et à produire des rapports clairs et reproductibles.
- Maîtrise de l'anglais scientifique, à l'oral et à l'écrit
Compétences techniques
- Maîtrise des outils d'analyse d'images microscopiques : Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik.
- Compréhension des principes de microscopie fluorescence et confocale ; capacité à dialoguer avec des spécialistes de l'imagerie.
- Expériences souhaitées dans le développement ou l'adaptation de workflows d'analyse semi-automatisés.
- Connaissances de base en programmation scientifique : Python ou R (ex. : gestion d'images, traitement de fichiers, visualisation de données).
- Une première exposition à l'analyse de données de transcriptomique (bulk/single-cell) ou spatiale est un atout.
- Capacité à produire une documentation technique claire, à assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses.
- Rigueur, sens de l'organisation et autonomie dans la gestion de tâches techniques.
- Curiosité scientifique et volonté d'apprendre des outils et méthodes variés.
- Bon relationnel et aptitude à travailler en interface avec des biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs en imagerie et personnels de plateformes.
- Capacité à s'adapter aux évolutions des besoins du projet (nouveaux outils, nouvelles données).
- Compétences en communication écrite et orale, en anglais (lecture de publications, rédaction de protocoles, échanges en consortium international).

Contexte de travail

L’équipe de recherche dirigée par Éric Kremer à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM UMR5535) est reconnu pour ses travaux sur les vecteurs viraux innovants, en particulier les adénovirus canins (CAV-2), destinés à la thérapie génique du système nerveux central. Grâce au soutien de la Dravet Syndrome Foundation, un projet international a été lancé pour développer des vecteurs viraux permettant de restaurer l’expression du gène SCN1A, dont la mutation est responsable du syndrome de Dravet.
Ce projet vise également à mettre en place un système de cartographie des réseaux cérébraux modifiés après injection des vecteurs, en ciblant notamment des sous-populations neuronales, y compris — mais sans s’y limiter — les neurones GABAergiques, dans le but de moduler les réseaux neuronaux impliqués dans la maladie.
Le candidat ou la candidate sera impliqué dans le développement et la mise en œuvre de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction dans différentes régions du cerveau et prédire les effets de l’édition génétique. La personne participera également à l’analyse de données issues du séquençage d’ARN et de la transcriptomique spatiale, sous la supervision du responsable de projet et en collaboration avec la plateforme locale de l’IGMM.

Outre son environnement enrichissant, le CNRS offre les avantages suivants :
- 44 jours de congés et RTT avec possibilité d'acquérir 2 jours pour fractionnement, soit 46 jours au maximum
- remboursement partiel des frais de transport en commun sur le trajet domicile / travail
- possibilité de bénéficier du forfait mobilités durables
- prise en charge des frais de complémentaire santé à hauteur de 15 € par mois, selon conditions
- restaurant collectif sur place à un tarif avantageux
- parking
- offres loisirs sports et culture via le comité d'action et d'entraide sociale (CAES du CNRS) ou les comités locaux d'action sociale (CLAS)