Missions

Vous poursuivrez un projet de recherche sur l’étude de l’échange de quinones isoprénoïdes entre bactéries du microbiote intestinal.

Vos missions consiteront à réaliser des expériences de microbiologie et de biochimie pour mieux caractériser les mécanismes d’échanges de quinones entre certaines espèces modèles et à réaliser des analyses bioinformatiques pour élucider les mécanismes ayant conduit à l’évolution de voies partielles de biosynthèse des quinones isoprénoïdes.

Activités

Culture de bactéries en condition anaérobie (souches non pathogènes), extractions organiques et quantification de quinones isoprénoïdes par HPLC-MS, étude phylogénétique des gènes de voies de biosynthèse de quinones isoprénoïdes, mise en place d’outils d’annotation d’enzymes de la chaîne de transfert d’électrons, analyse+mise en forme+présentation des résultats, veille scientifique.    

Vous mettrez en forme les résultats et les communiquerez à vos collaborateurs dans l’équipe de recherche sous forme de réunions de travail hebdomadaires et de rapports mensuels. Ceci servira à la rédaction d’un article de recherche.

Compétences

Connaissances générales en microbiologie et maîtrise des techniques courantes de biologie moléculaire et biochimie, programmation Python et conception de pipeline avec Snakemake, utilisation de logiciels d’analyses de séquences biologiques, travail en autonomie et en équipe, maîtrise des logiciels de bureautique courants.

Contexte de travail

Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) qui regroupe près de 300 membres, dont 70 doctorants, répartis en 10 équipes. Le laboratoire offre un environnement interdisciplinaire stimulant, où cliniciens et chercheurs travaillent autour de l’utilisation de l’informatique et des mathématiques appliquées dans le domaine de la biologie et de la santé. Vous évoluerez dans un milieu professionnel enrichissant où règnent une bonne ambiance et un esprit collaboratif. Situé sur l’espace santé du CHU de Grenoble, le laboratoire vous offre un contexte de travail scientifique stimulant et un cadre de vie agréable, entouré de montagnes !

Vous rejoindrez l’équipe TrEE dont les travaux se concentrent sur l’évolution des micro-organismes et leur interaction avec l’hôte, en utilisant des approches expérimentales et bio-informatiques. Ces recherches incluent l’évolution des métabolismes, du microbiote et des génomes, ainsi que la résistance aux antimicrobiens et l’étude des membranes cellulaires. Elle a pour objectifs le progrès de la connaissance et le développement d’applications biotechnologiques pour améliorer les traitements et diagnostics liés à ses domaines de recherche.

Vous serez co-encadré par Fabien Pierrel, chercheur CNRS biochimiste, et par Sophie Abby, chercheuse CNRS bioinformaticienne.