Missions

L'ingénierie de l'information génétique requiert une compréhension fine de la structuration physique des génomes. Chez les bactéries, cette structuration est affectée à toutes les échelles, de l'appariement des bases à l'organisation cellulaire, par la super-hélicité négative de l'ADN (sous-enroulement). Cette dernière joue ainsi un rôle fondamental dans des processus aussi diverses que la transcription des gènes, la réplication de l'ADN et la ségrégation des chromosomes répliqués. Son omniprésence rend cependant difficile sa prise en compte dans la modélisation de ces phénomènes.

L'objectif de ce postdoctorat est de développer une modélisation de physique des polymères du processus de réplication de l'ADN, des contraintes topologiques qui lui sont associées, de l'activité des topoisomérases et du processus de ségrégation physique des chromosomes répliqués. Les résultats des modélisations seront utilisés pour rationaliser les données expérimentales obtenues par nos collaborateurs expérimentateurs travaillant sur différents organismes modèles, incluant Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa.

Activités

- Développement de simulations de physique des polymères
- Approches semi-analytiques issues de la physique statistique
- Analyses de données de structures des chromosomes bactériens

Compétences

- Thèse en biophysique
- Excellente connaissance de la physique des polymères
- Excellent cursus en programmation

Contexte de travail

Le chercheur (H/F) sera affecté(e) à l'équipe TrEE dans le laboratoire TIMC.

TIMC est une unité mixte de recherche CNRS/Université Grenoble Alpes /Grenoble INP / Vétagro Sup qui rassemble des scientifiques et cliniciens à travers le développement et l'utilisation de la science informatique et de la biologie computationnelle afin de comprendre et contrôler les processus normaux et pathologiques en biologie et santé. L'unité est basée à Grenoble, une des villes étudiantes et académiques les plus grandes de France, située près des Alpes.

Au sein de TIMC, l'équipe TrEE a pour objectif de développer une biologie des systèmes évolutionnistes à travers une expertise interdisciplinaire incluant évolution expérimentale, biologie cellulaire, génétique, biochimie, génomique comparative, phylogénomique et modélisation biophysique afin de rationaliser le comportement des systèmes microbiens.

Le chercheur (H/F) sera supervisé par Ivan Junier, directeur de recherche en biophysique et travaillant depuis plus de 10 ans dans le domaine de la structure des chromosomes et de l'organisation des génomes des bactéries. C'est un expert en modélisation polymère et en génomique comparative. Il/elle travaillera en étroite collaboration avec Olivier Espeli (College de France, Paris, France) et François Cornet (University Paul Sabatier, Toulouse, France), microbiologistes experts en biologie des chromosomes.