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Portail > Offres > Offre UMR5525-ELSGEN-022 - Chercheur en bactériologie, génétique moléculaire et évolution expérimentale (H/F)

Chercheur en bactériologie, génétique moléculaire et évolution expérimentale (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 8 juillet 2021

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Informations générales

Référence : UMR5525-ELSGEN-022
Lieu de travail : LA TRONCHE
Date de publication : mercredi 2 juin 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Environ 3768.64€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Étude de l'évolution de la résistance aux antibiotiques en lien avec les éléments génétiques de type Intégrons et le mode de vie en biofilm

Activités

Les activités de ce projet incluent : bactériologie, évolution expérimentale, génétique moléculaire, analyse génomique. Le/la post-doc recruté(e) devra gérer des expériences d'évolution visant à sélectionner des souches d'E. coli présentant une résistance accrue aux antibiotiques en raison de l'évolution des intégrons ancestraux. Il/elle devra ensuite caractériser les clones sélectionnés tant au niveau phénotypique que génotypique. Le projet consistera d'abord à construire des outils moléculaires permettant de mobiliser des intégrons artificiels dans différents fonds génétiques qui seront ensuite utilisés pour des expériences d'évolution. Les souches construites seront ensuite propagées dans différents milieux avec différentes concentrations d'antibiotiques, soit en batch, soit dans des conditions de type biofilm. L'évolution des populations sera étudiée en mesurant régulièrement les CMI pour des antibiotiques spécifiques ainsi que l'expression des intégrons en utilisant des fusions rapporteurs. Les clones sélectionnés seront finalement caractérisés par un reséquençage du génome entier afin d'identifier les mutations qui ont contribué à l'émergence d'un niveau de résistance élevé en lien avec les intégrons.

Compétences

la personne recrutée sera titulaire d'une thèse de doctorat, avec une solide formation et expérience en bactériologie, génétique bactérienne moléculaire, évolution expérimentale et analyse génomique. Idéalement, il/elle devra maitriser les cultures bactériennes, le clonage moléculaire, la détermination de CMI en antibiotiques, les analyses par cytométrie en flux ainsi que les outils bioinformatiques permettant l'identification des mutations après reséquençage du génome de clones sélectionnés.
Un stage post-doctoral antérieur est souhaité. Par ailleurs, une bonne expérience dans l'étude des biofilms bactériens et/ou de la resistance aux antibiotiques serait un plus.

Contexte de travail

Le laboratoire TIMC réunit scientifiques et cliniciens pour la compréhension et le contrôle des processus normaux et pathologiques en biologie et santé. Son activité pluridisciplinaire contribue tant à la connaissance de base dans ces domaines qu'au développement de systèmes pour l'aide au diagnostic et à la thérapie. TIMC compte environ 300 membres répartis sur 12 équipes de recherche, dont environ 160 personnels permanents : chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs. L'équipe TrEE (Translational microbiology, Evolution and Engineering) s'intéresse aux mécanismes évolutifs permettant l'adaptation des microorganismes (bactéries, archées, levures) à leur environnement, de milieux de culture in vitro à leurs hôtes eucaryotes dont l'être humain. Elle offre ainsi un cadre optimal pour développer ce projet, à tous les niveaux : scientifique, humain, et technique. Le projet consiste à évaluer l'impact de concentrations sub-inhibitrices d'antibiotique et du mode de vie bactérien (biofilm versus planctonique) sur l'évolution des intégrons de résistance. Un partenaire dont l'expertise concerne les intégrons de résistance et les biofilms bactériens participe à ce projet financé par l'Agence Nationale de la Recherche.

Contraintes et risques

Pas de risques particuliers. La personne recrutée pourra être amenée à passer un certain temps dans le laboratoire partenaire à Limoges

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