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Portail > Offres > Offre UMR5506-VINLEF-003 - Ingenieur en développement d'applications web (H/F)

Ingenieur en développement d'applications web (H/F)


Date Limite Candidature : mardi 22 juin 2021

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Informations générales

Référence : UMR5506-VINLEF-003
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 1 juin 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2109 € et 2228 € bruts mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Concevoir et developper une interface web conviviale (dans le meme esprit que NGphylogeny.fr) permettant aux utilisateurs de concevoir et realiser des analyses de phylogenomique.

Activités

- Integrer un ensemble de methodes d'inference d'arbres d'especes et d'arbres de genes (problematique des superarbres) comme PhySIC_IST (Scornavacca et al. 2008) ou ASTRAL (Mirarab et al. 2015).
- Integer des methodes pour la reconciliation d'arbres de genes et d'arbres d'especes comme ecceTERA (Jacox et al. 2016).
- Automatiser la gestion des calculs requis par les analyses sur des environnements de type cluster de calcul.
- Developper des solutions de representation graphique de combinaisons complexes d'evenements (speciation, duplication de gene, perte de gene, transfert horizontal, ...) pour visualiser les resultats.

Compétences

- Programmation : python
- Web : Django, CSS 3, Ajax, API REST, JSON, bootstrap, Angular
- Environnement : Linux, cloud, Singularity
- Calcul : cluster (SGE, SLURM)
- Des competences ou un interet pour la phylogenie et l'evolution seraient appreciees
- Gout pour le travail en equipe et l'interaction avec des partenaires biologistes

Contexte de travail

L'ingenieur travaillera dans un environnement stimulant au sein de la plateforme de bioinformatique ATGC (http://www.atgc-montpellier.fr/) portée par l'equipe MAB (http://www.lirmm.fr/recherche/equipes/mab) et membre de l'IFB (https://www.france-bioinformatique.fr/). L'equipe est reconnue internationalement pour ses recherches en phylogenie. Ces travaux ont conduit a la mise en place de services mondialement utilises en bioinformatique evolutive (par exemple phylogeny.fr: Dereeper et al. 2008 et NGphylogeny.fr: Lemoine et al. 2019). Le logiciel PhyML (Guindon et al. 2010, http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/) est une référence du domaine avec plus de 20000 citations et des milliers d'utilisateurs a travers le monde.

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