Ingénieur(e) en bioinformatique et computational protein design (H/F)

Description du Poste

Les Missions

Le groupe Etude et conception de composés biologiquement actifs, au sein du Laboratoire de Biologie tissulaire et ingénierie thérapeutique recrute un(e) Ingénieur(e) en bioinformatique et computational protein design.
Le projet a pour objectif de développer un pipeline informatique robuste, reproductible et automatisé pour la conception computationnelle de protéines et de peptides, en s'appuyant sur les méthodes récentes d'intelligence artificielle et de modélisation structurale.
Le/la candidat(e) sera principalement chargé(e) de la conception et du développement du pipeline, de l'intégration de différents outils de computational protein design, ainsi que de la mise en place de procédures permettant de tester et d'évaluer automatiquement les designs générés.
Le projet sera réalisé au sein d'un environnement interdisciplinaire associant bioinformatique, biologie structurale, biophysique et biologie expérimentale.
Le/la candidat(e) sera encadré(e) sur la partie scientifique et méthodologique du computational protein design par un chercheur expert du domaine. Une connaissance préalable de l'ensemble des méthodes de computational protein design n'est donc pas requise.
L'objectif est de recruter avant tout un(e) ingénieur(e) disposant de solides compétences en programmation scientifique et en bioinformatique, capable de prendre en main de nouvelles méthodes et de les intégrer dans des workflows reproductibles.

L'Activité

Développement d'un pipeline de computational protein design

Le/la candidat(e) développera un workflow permettant d'automatiser différentes étapes de conception :
Génération de structures → Design de séquences → Prédiction structurale → Analyse → Filtrage et ranking

Le pipeline pourra notamment intégrer :
• RFdiffusion pour la génération de structures ;
• ProteinMPNN pour le design de séquences ;
• AlphaFold pour la prédiction et l'évaluation structurale ;
• RoseTTAFold pour la prédiction et la comparaison structurale ;
• Rosetta pour l'analyse et le scoring des designs.
L'objectif sera de développer une architecture permettant d'intégrer facilement différents outils et méthodes, et de faire évoluer le workflow au fur et à mesure de l'avancement du projet. Une connaissance préalable de ces outils est un plus.

Pipeline engineering et automatisation

Le/la candidat(e) sera responsable de la mise en œuvre informatique du workflow.
Ses activités comprendront notamment :
• développement de scripts et modules en Python ;
• automatisation de workflows scientifiques ;
• intégration de logiciels et modèles de calcul existants ;
• gestion des formats d'entrée et de sortie ;
• gestion des paramètres et configurations ;
• automatisation de campagnes de calcul ;
• exécution et gestion des calculs sur GPU/HPC ;
• mise en place de systèmes de suivi et de logs ;
• gestion des erreurs et des reprises de calcul ;
• utilisation de Git et mise en place de bonnes pratiques de développement ;
• documentation du code et des workflows ;
• mise en place de procédures permettant la reproductibilité des calculs.

Développement d'une stratégie de test et de validation
Le pipeline sera testé sur différents cas de référence (test cases) afin de vérifier son fonctionnement et d'évaluer les performances des différentes méthodes.
Cette étape permettra de disposer d'un workflow validé sur des cas de référence avant son application à un problème biologique nouveau.

Application au design de peptides
Dans une seconde phase, le pipeline développé sera appliqué à un projet de conception computationnelle de peptides.

Votre Profil

Compétences

Le candidat doit être titulaire d'une licence dans l'un des domaines suivants ; un master dans ces mêmes domaines serait un atout :
• bioinformatique ;
• biologie computationnelle ;
• bioinformatique structurale ;
• informatique appliquée aux sciences du vivant ;
• intelligence artificielle / machine learning appliqué à la biologie ;

Compétences indispensables
Très bonne maîtrise de Python ;
• expérience en programmation scientifique ou développement de workflows ;
• bonne maîtrise de l'environnement Linux ;
• capacité à utiliser et intégrer des logiciels scientifiques ;
• connaissance de Git et des principes de développement logiciel ;
• capacité à analyser et manipuler des données biologiques ou structurales ;
• autonomie dans la recherche de solutions techniques ;
• bonnes capacités d'analyse et de résolution de problèmes.
• Compétences appréciées

Une expérience dans un ou plusieurs des domaines suivants constituera un atout :
• bioinformatique structurale ;
• modélisation moléculaire ;
• prédiction de structure des protéines ;
• protein design ou peptide design ;
• machine learning / deep learning ;
• calcul scientifique sur GPU ;
• environnement HPC ;
• développement de pipelines bioinformatiques.

Une expérience avec RFdiffusion, ProteinMPNN, AlphaFold, RoseTTAFold ou Rosetta sera appréciée mais n'est pas indispensable.
La connaissance préalable de l'ensemble de ces outils n'est pas attendue. Nous recherchons avant tout un profil présentant de solides compétences techniques et une capacité à apprendre rapidement de nouvelles méthodes.

Aptitudes recherchées
Curiosité scientifique et technique ;
• autonomie et rigueur ;
• intérêt pour le développement logiciel scientifique ;
• capacité à apprendre rapidement de nouveaux outils ;
• capacité à travailler sur des problématiques interdisciplinaires ;
• goût pour l'analyse de données et l'interprétation des résultats ;
• capacité à documenter son travail ;
• bonnes capacités de communication scientifique ;
• capacité à travailler en interaction avec des chercheurs et ingénieurs issus de disciplines différentes.

Votre Environnement de Travail

L’équipe ECMo du Laboratoire de Biologie tissulaire et Ingénierie Thérapeutique – UMR 5305 CNRS / UCBL est spécialisé dans la modélisation moléculaire de petites molécules, peptides et protéines en milieux complexes. L'équipe est constituée de 5 membres permanents. Le/la candidat(e) bénéficiera d'un encadrement scientifique direct sur les approches de computational protein design et de modélisation structurale.

L'encadrement permettra au/à la candidat(e) de monter progressivement en compétence sur les méthodes de conception de protéines et de peptides, notamment :
• génération de structures avec RFdiffusion ;
• design de séquences avec ProteinMPNN ;
• prédiction structurale avec AlphaFold et RoseTTAFold ;
• analyse et scoring avec Rosetta ;
• stratégies de sélection et de ranking des designs.

le cas échéant, une description de projets informatiques ou scientifiques réalisés.
Les candidatures de profils issus de formations différentes mais disposant d'une expérience pertinente en programmation scientifique, bioinformatique ou machine learning appliqué aux sciences du vivant seront étudiées avec attention. La connaissance préalable des outils de computational protein design n'est pas indispensable.

Rejoindre le CNRS, c'est aussi bénéficier des avantages suivants :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an pour un contrat de 12 mois
• D'excellentes conditions de travail (horaires flexibles, télétravail possible après une période d’intégration et sous réserve des tâches à effectuer)
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun + parking privé
• Mutuelle employeur

Contraintes et risques

Aucun risque biologique et chimique

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 2521€ bruts mensuels selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche