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Portail > Offres > Offre UMR5294-CAMCOH-002 - H/F - Post-doctorat en génomique/transcriptomique de Plasmodium Falciparum

H/F - Post-doctorat en génomique/transcriptomique de Plasmodium Falciparum

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 9 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR5294-CAMCOH-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 19 janvier 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2833€ et 3257€ Bruts mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

- Candidat ayant une expérience démontrée en analyse de données omiques
- Contrat de 2 ans minimum, avec possibilité de prolongation de 2 ans avec nos collaborateurs à Marseille
- Projet principal : génomique et transcriptomique unicellulaire du parasite du paludisme P. falciparum, à partir d'une cohorte unique d'infections (a)symptomatiques du Cameroun

Activités

Avec des collègues de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, de Crick Institute, du Texas Biomed (États-Unis) et du Sanger Institute (Royaume-Uni), nous séquençons des génomes d'isolats de parasites, des transcriptomes et des transcriptomes unicellulaires. Divers projets de laboratoire sont disponibles, la question de recherche exacte sera définie en fonction de l'expertise du candidat :
- Analyse de données de séquençage long-reads (Nanopore versus PacBio) à partir d'isolats cliniques de P. falciparum
- Analyse phylogénétique des variants antigèniques de surface (var, rif, stevor) des génomes de P. falciparum nouvellement assemblés
- Diversité génétique des populations parasitaires en Gambie et au Cameroun.
- Évaluation qualitative et quantitative de l'expression des variants antigéniques de surface à partir de données RNAseq unicellulaires provenant d'isolats de parasites symptomatiques versus asymptomatiques. L'objectif ultime est d'identifier les biomarqueurs hôtes et parasites prédisant l'issue d'une infection palustre (symptomatique vs asymptomatique).
- Caractérisation des anticorps de l'hôte.
Vous interagirez avec nos collaborateurs au Royaume-Uni et aux États-Unis, et potentiellement un voyage au Cameroun pour enseigner dans un atelier de bio-informatique. En fonction de l'évolution du projet, il y a une opportunité pour un nouveau contrat de 2 ans avec Sandrine Marquet (TAGC, Marseille, France) pour analyser les données de single cell RNA-seq sur les PBMCs de la même cohorte.

Compétences

- Formation en biostatistique/bio-informatique, ou en biologie moléculaire avec une expérience démontrée en analyse de données omiques
- Des connaissances en génétique des populations et/ou en phylogénétique sont un plus
- Capable de travailler de manière autonome
- Excellentes compétences en communication en anglais
- Restez concentré sur la réponse à une question biologique spécifique, de l'analyse initiale à la publication
- Passionné de découvertes scientifiques
- Autres compétences souhaitables : connaissance de la biologie du paludisme, disponibilité à encadrer occasionnellement un étudiant en Master, participation active à la vie du laboratoire et de l'institut.

Contexte de travail

NOTRE RECHERCHE
Le paludisme tue un demi-million d'enfants par an, mais dans les zones endémiques, la plupart des infections à Plasmodium falciparum restent asymptomatiques. L'objectif de nos recherches est de comprendre les mécanismes génomiques et transcriptomiques qui permettent à P. falciparum d'établir une infection chronique asymptomatique chez l'homme. Nous testons des hypothèses in vitro sur des isolats de terrain collectés dans des pays d'endémie palustre. Plus précisément, nous caractérisons comment le parasite échappe au système immunitaire en changeant régulièrement ses antigènes de surface. Plus de détails peuvent être trouvés dans notre récente publication dans Trends In Parasitology

QUI NOUS SOMMES
Antoine Claessens (PI) est un paludologue formé à l'Université d'Edimbourg, au Sanger Institute, au LSHTM et au MRC-Gambie. Il a rejoint l'Université de Montpellier en 2018 en tant que Chargé de Recherche INSERM et dirige une équipe ATIP-Avenir, actuellement composée de trois doctorants, un post-doctorant et un ingénieur permanent. Ce poste sera financé par l'ANR et le financement « MUSE Pré-ERC ».

CE QUE NOUS POUVONS OFFRIR
Vous interagirez étroitement avec des mathématiciens et informaticiens de l'équipe de biologie des systèmes du LPHI, avec des bio-informaticiens expérimentés de la plateforme de bio-informatique et avec des généticiens des populations de MIVEGEC. Les deux «UMR» sont internationales, avec des scientifiques très compétents et bienveillants. Plus généralement, Montpellier est un pôle important de recherche en Sciences du Vivant, notamment dans le domaine de la biologie évolutive. Savoir parler français n'est pas une exigence.
Vous intégrerez une équipe jeune et dynamique.

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