Technicien (H/F) en biologie moléculaire et virologie moléculaire

Description du Poste

Les Missions

Dans le cadre du projet ZOOCAM, la personne recrutée participera aux travaux du WP1 consacrés à la détection et à la caractérisation de virus présents chez différentes espèces de mammifères.
Sa mission principale sera de rechercher différentes familles virales à partir d’échantillons fécaux de mammifères déjà collectés sur le terrain, en combinant des approches de biologie moléculaire ciblées et, selon les besoins du projet, des approches de séquençage haut débit et de métagénomique virale.
La personne recrutée contribuera à l’ensemble de la chaîne expérimentale, depuis la préparation des échantillons et l’extraction des acides nucléiques jusqu’à la préparation des échantillons pour séquençage et à l’organisation des données produites.

L'Activité

Les activités principales seront les suivantes :
• Inventorier, organiser et préparer les échantillons biologiques destinés aux analyses moléculaires.
• Réaliser l’extraction d’ADN et d’ARN à partir d’échantillons fécaux de mammifères.
• Mettre en œuvre et, si nécessaire, optimiser des protocoles de PCR, RT-PCR et PCR quantitative.
• Rechercher différentes familles de virus au moyen d’approches ciblées utilisant des amorces spécifiques ou à spectre large.
• Mettre en place les contrôles positifs et négatifs nécessaires à la validation des analyses.
• Réaliser les étapes de visualisation, purification et préparation des produits d’amplification.
• Préparer les échantillons destinés au séquençage.
• Participer à la mise en œuvre d’approches de séquençage haut débit et de métagénomique virale.
• Participer, selon les protocoles retenus, aux étapes de préparation de librairies pour séquençage.
• Contrôler la qualité et la concentration des acides nucléiques et des préparations destinées au séquençage.
• Assurer une traçabilité rigoureuse des échantillons, des manipulations et des résultats.
• Saisir, organiser, archiver et documenter les données expérimentales.
• Participer à l’analyse préliminaire et à l’interprétation des résultats obtenus en interaction avec les chercheurs impliqués dans le projet.
• Contribuer à l’amélioration et à la standardisation des protocoles utilisés dans le WP1.
• Respecter les règles de qualité, d’hygiène et de sécurité applicables au laboratoire.

Votre Profil

Compétences

Connaissances
• Bonnes connaissances en biologie moléculaire.
• Connaissances des principes d'extraction et d'analyse des acides nucléiques.
• Bonne connaissance des techniques de PCR et RT-PCR.
• Connaissances en virologie moléculaire appréciées.
• Connaissances des principes du séquençage haut débit et de la métagénomique souhaitées.
• Connaissance des problématiques liées aux contaminations dans les analyses d'échantillons environnementaux ou biologiques complexes.
• Notions concernant les risques biologiques et les règles de sécurité en laboratoire.
Compétences opérationnelles
• Réaliser des extractions d'ADN et d'ARN à partir d'échantillons biologiques complexes.
• Mettre en œuvre de manière autonome des protocoles de PCR et RT-PCR.
• Manipuler avec rigueur des séries importantes d'échantillons.
• Utiliser les équipements courants d'un laboratoire de biologie moléculaire.
• Mesurer et contrôler la qualité et la quantité des acides nucléiques.
• Participer à la préparation d'échantillons
• Respecter strictement les procédures permettant d'éviter les contaminations croisées.
Profil recherché
Formation souhaitée : niveau Bac +2 en biologie, biologie moléculaire, biotechnologies, microbiologie, virologie ou domaine équivalent.
Une expérience pratique en biologie moléculaire, notamment en extraction d'acides nucléiques et en PCR/RT-PCR, est indispensable.
Une expérience en virologie moléculaire, ou en analyse d'échantillons issus de la faune sauvage constituera un atout important.
Une expérience préalable de manipulation d'échantillons fécaux, environnementaux ou d'autres matrices biologiques complexes sera également appréciée.

• Tenir un cahier de laboratoire et assurer la traçabilité des expériences.
• Organiser, enregistrer et archiver les données expérimentales.
• Utiliser les outils informatiques courants pour le suivi et l'organisation des résultats.
Une expérience en analyse bioinformatique n'est pas indispensable, mais des notions dans le traitement de données de séquençage constitueraient un avantage.
Compétences comportementales
• Rigueur expérimentale.
• Sens de l'organisation.
• Autonomie.
• Capacité à travailler en équipe.
• Capacité à rendre compte de l'avancement des expérimentations.
• Esprit critique vis-à-vis des résultats expérimentaux.
• Capacité d'adaptation à différents protocoles et types d'échantillons.

Votre Environnement de Travail

Contexte de travail
Le recrutement s’inscrit dans le cadre du WP1 du projet ZOOCAM, consacré notamment à la caractérisation des microorganismes et agents infectieux présents chez différentes espèces de mammifères, dans une approche à l’interface entre écologie, santé animale et santé environnementale.
La personne recrutée intégrera une équipe de recherche pluridisciplinaire associant notamment écologie, biologie évolutive, microbiologie, virologie et biologie moléculaire.
Les échantillons fécaux destinés à l’étude ont déjà été collectés. Le travail sera donc essentiellement réalisé au laboratoire (parfois en laboratoire de niveau 3*) et portera sur leur traitement moléculaire, la recherche ciblée de différentes familles virales et, pour une partie des échantillons une approche en métagénomique virale pourra être nécessaire.
La personne recrutée travaillera en interaction étroite avec les chercheurs, ingénieurs et autres personnels impliqués dans le WP1 de ZOOCAM.

Contraintes et risques

• Manipulation d’échantillons biologiques d’origine animale.
• Manipulation d’échantillons fécaux susceptibles de contenir différents microorganismes.
• Manipulation de réactifs de biologie moléculaire.
• Travail nécessitant le respect strict des procédures visant à limiter les contaminations entre échantillons et entre étapes pré- et post-PCR.
• Travail en laboratoire de niveau 3*.
• Port des équipements de protection individuelle adaptés aux manipulations réalisées.

Rémunération et avantages

Rémunération

À partir de 2 190,43 € brut mensuel, ajustable selon l’expérience professionnelle sur des fonctions de niveau équivalent.

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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