Missions

En tant qu'hôpital de référence pour la France dit « centre expert », nous avons pu rassembler une cohorte de plus de 200 tumeurs que nous avons caractérisée pour l'expression de l'ARN, la méthylation, le séquençage du génome entier et les polymorphismes de nucléotides (SNP). Le cancer que nous étudions est une maladie rare qui n'a pas encore été documenté et nous pensons que ces données seront une contribution majeure à la compréhension de la maladie et au suivi clinique. Les premiers résultats préliminaires montrent que nous trouvons des sous-groupes précédemment inconnus dans la pathologie, qui prédisent les perspectives cliniques des patients, y compris la survie. Le candidat sera en mesure de compléter ces études pour analyser des paramètres plus fins. Une nouvelle étude RNAseq à cellule unique a également été lancée pour déterminer l'hétérogénéité intra-tumorale.

Activités

Le/la candidat(e) travaillera sur l’intégration et l’analyse de jeux de données multiples, incluant mais ne se limitant pas à des données de scRNASeq, bulk RNAseq, transcriptomique spatiale et protéomique.
Il/Elle assurera une veille technologique et scientifique en lien avec les thématiques de l’équipe liées aux technologies omiques.
Il/elle sera également chargé d’organiser le stockage et la traçabilité des données omiques générées dans l’équipe.
Le/la candidat/e doit avoir de l'expérience dans l'analyse de données omiques et sera intégré directement dans l'équipe de recherche.

Compétences

Le candidat doit de préférence être titulaire d'un diplôme en bioinformatique (ingénieur/master), ou en biologie avec de solides compétences en analyse de données. Le candidat doit être capable de travailler dans un environnement Unix, avec le logiciel R (CRAN/Bioconductor) et idéalement familier avec un autre langage de script comme Bash ou Python. Une expérience préalable dans l'analyse de données de séquençage à haut débit (RNAseq, séquençage d'exome/génome) serait grandement appréciée. Une expérience dans l'analyse de données de cellules uniques serait également utile.

Contexte de travail

Le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) est un centre de renommée internationale dédié à la recherche innovante en oncologie. Composé de plus de 400 chercheurs et cliniciens, le CRCL se consacre à comprendre les mécanismes du cancer et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Vous travaillerez dans un environnement scientifique international dédié à la recherche sur le cancer, grâce à la présence des 26 équipes de recherche et des 13 plateformes technologiques présentes sur le site. Vous serez intégré directement dans l'équipe de Recherche au sein de Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL)
Ce que nous vous proposons :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an
• Des formations adaptées pour vous accompagner
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (métro D, Tram T2, Tram T5)
• Participation financière au frais de mutuelle
• Accès au Comité d'Action Economique et Sociale du CNRS à partir de 6 mois d'ancienneté

Contraintes et risques

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