Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Nous recrutons une ingénieure / un ingénieur en bioinformatique pour travailler sur un projet mêlant biologie du développement et cancérologie pédiatrique. La principale mission consistera à analyser de nouvelles données single-nuclei RNA-seq générées à partir d’un modèle de transplantation in vivo de cellules tumorales humaines dans leur territoire d’émergence au sein d’un embryon aviaire (Delloye-Bourgeois et al., Cancer Cell, 2017 ; Villalard et al., Nat Commun, 2024)

Activity

• Analyse et traitement des données single-nuclei RNA-seq.
• Comparaison des résultats obtenus avec des données de patients publiques ou des nouvelles données issues de collaborations.
• Application de méthodes bio-informatiques pour l’annotation cellulaire, l’identification de sous-populations, l’analyse des trajectoires développementales, de communication cellulaire, d’enrichissement en processus biologiques etc.
• Collaboration étroite avec les biologistes de l’équipe pour interpréter les résultats et orienter les analyses ainsi qu’avec les autres bioinformaticiens ou bioinformaticiennes de l’équipe ou d’équipe collaboratrice
• Développement de pipelines pour automatiser le traitement des données et assurer leur reproductibilité.
• Visualisation et présentation des résultats sous forme de rapports et de figures scientifiques.

Your Profil

Skills

• Formation : Master ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biostatistiques souhaité. Une expérience confirmée en analyse de données single-cell ou single-nuclei RNA seq est indispensable.
• Compétences techniques :
-Maîtrise de R/Python et des outils d’analyse single-cell (Seurat, CellChat, GSEA, etc.).
-Utilisation de GitHub pour la gestion de codes.
-Anglais lu, écrit et parlé (pour la lecture de publications et les collaborations).
• Qualités personnelles : Rigueur, autonomie, prise d’initiative et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire

Your Work Environment

• Contrat : CDD de 12 mois à partir du 4 mai 2026.
• Rémunération : Selon la grille CNRS (selon expérience).
• Environnement :
o Intégration dans une équipe d’environ 14 personnes, au sein du groupe thématique d’étude du neuroblastome.
o Collaboration avec des équipes partenaires de divers instituts.
o 44 jours de congés/RTT par an.
o Horaires flexibles et bureaux confortables.
o Remboursement partiel des transports (75%) + forfait mobilité durable (jusqu’à 300€/an).
o Participation financière à la mutuelle.
o Site accessible en transports en commun.

Compensation and benefits

Compensation

2521 € brut mensuel minimum

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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