Ingénieur d’études en biocontrôle de l’Esca, une maladie du bois de la vigne - H/F

Job Description

Missions

L’Ingénieur-e d’études recruté-e aura pour mission d’étudier l’efficacité du biocontrôle microbien pour protéger les ceps de vigne contre la dégradation de leur bois par des champignons pathogènes. L’objectif est de de lutter contre le développement d’une maladie dévastatrice nommée Esca, qui atteint les vignobles en France et à l’international. Plusieurs agents de biocontrôle (BCA) : des bactéries, ainsi qu’un oomycète, Pythium oligandrum, seront utilisés pour cela. Des approches de Next Generation Sequencing seront employées pour déterminer l’influence de ces agents de biocontrôle sur les communautés microbiennes naturelles colonisant la vigne. La réponse physiologique des plantes lors de l’induction de résistance par les BCAs sera également étudiée.

Activity

- Travaux en microbiologie pasteurienne : sélectionner, développer et adapter les protocoles de préparation et d'analyse des échantillons biologiques (i.e. racines et bois de vigne), pour isoler et purifier des agents microbiens de biocontrôle (BCA) sur milieux sélectifs.
- Ecologie microbienne : étude des communautés bactériennes colonisant le bois et la rhizosphère de la vigne, et de l’influence des BCA utilisés sur celles-ci.
- Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, des techniques de Next Generation Sequencing.
- Appliquer des protocoles spécifiques à l’étude des interactions plantes-microorganismes (e.g. transcriptomique).
- Exploiter et présenter des analyses, en garantissant leur suivi et qualité. Synthèse des résultats et discussion de ceux les plus pertinents avec les porteurs du projet.
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité considéré.
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications.
- Participer à la formation et l’encadrement de stagiaires de tous niveaux (L3 à M2).
- Travailler en collaboration avec doctorants et post-doctorants.

Your Profil

Skills

- Connaissance approfondie, expérience forte et mise en œuvre des techniques de microbiologie pasteurienne.
- Connaissance approfondie, expérience forte et mise en œuvre des techniques utilisées en écologie microbienne fonctionnelle et pathologie végétale. Par exemple, la mise en œuvre des techniques de Next Generation Sequencing (une formation de mise à jour de ces techniques est possible), Interactions plantes-microorganismes ainsi qu’en transcriptomique.
- Utilisation de logiciels spécifiques pour analyser les résultats obtenus avec ces différentes techniques.
- Conception de dispositifs expérimentaux pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre du projet européen Salsa.
- Aptitude au travail en équipe, sens relationnel et de l’organisation. L’IE recruté-e participera à l’encadrement d’étudiants de tous niveaux.
- Langue anglaise : B1 à B2.

Your Work Environment

L’Ingénieur-e d’études intégrera l’IPREM qui est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5254) CNRS/Université de Pau et des Pays de l’Adour. Cette UMR regroupe plus de 300 personnes qui s’intéressent au développement de connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie, dont la gestion de l’environnement. Plus précisément, l’ingénieur-e intégrera le pôle Chimie et Microbiologie de l’Environnement (CME) composé de 18 EC, 4 Chercheurs CNRS, 9 ITA/BIATSS, ainsi que de plusieurs doctorants et post-doctorants. Plusieurs personnes du pôle CME ont des compétences en interactions plantes-microorganismes, en agroécologie et en microbiologie avec pour objectif de promouvoir la protection agroécologique des cultures. Pour cela, ils s’appuient sur les régulations biologiques des organismes (dont les microorganismes), la gestion des pratiques culturales et l'utilisation des produits de biocontrôle.
Récemment, nous avons été lauréat d’un projet européen PRIMA, son acronyme étant Salsa. Un objectif majeur du projet est de trouver des solutions naturelles de protection des vignobles, via l’utilisation d’agents microbiens de biocontrôle pour lutter contre une maladie dévastatrice du bois des vignes, l’Esca. Ce projet ambitieux d’une durée de 3 ans nécessite le recrutement de personnels contractuels à l’appui de la réalisation des différentes expérimentations, et afin de valoriser les résultats.

Constraints and risks

Lors de son arrivée à l’IPREM, l’ingénieur-e sera formé-e à l’application de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité en vigueur à l’UMR.

Compensation and benefits

Compensation

Entre 2469 € et 2662.€ bruts par mois selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

CNRS

The research professions