Missions

Le projet de post-doctorat s'inscrit dans le cadre du projet MAEWA (H2020 – PRIMA program) qui vise à comprendre l'organisation des communautés microbiennes dans les zones humides afin de développer des solutions de bioremédiation pour limiter la contamination dans les environnements aquatiques des zones arides/semi-arides du bassin Méditerranéen (https://iprem.univ-pau.fr/fr/collaborations/projets-de-recherche/maewa.html).
La principale source de pollution des zones humides est due aux activités humaines, notamment les activités agricoles impliquant l'utilisation intensive de produits agrochimiques, l'application de fumier et d'engrais pour améliorer le rendement des cultures. Ainsi, les flux d'eau provenant des cultures fertilisées introduisent des nutriments, des produits agrochimiques, des antibiotiques et d'autres produits chimiques dans les eaux, menaçant ainsi la conservation des habitats protégés. Les communautés microbiennes jouent un rôle crucial dans le fonctionnement des écosystèmes, notamment dans la décomposition de la matière organique, le cycle des nutriments et l'élimination des polluants tels que les pesticides. Il est donc important d'accroître les connaissances sur les règles qui régissent les assemblages microbiens afin de proposer des solutions pratiques pour l'amélioration de la gestion et la gouvernance des zones humides.
Les objectifs spécifiques du projet MAEWA sont d'acquérir de nouvelles connaissances sur i) l'effet des activités agricoles sur l'organisation des communautés microbiennes des zones humides, et ii) sur les capacités métaboliques microbiennes à atténuer l'effet des polluants. Les informations issues du projet MAEWA permettront de développer des solutions techniques, des outils de surveillance et des lignes directrices pour la mise en œuvre de processus de bioremédiation efficaces.
La personne recrutée sera en charge de la caractérisation fonctionnelle des communautés microbiennes par des approches métagénomiques afin d'identifier les fonctions et les processus de dégradation de contaminants d'origine agricole dans les sédiments des zones humides des sites d'études du projet MAEWA.

Ce poste est proposé pour une durée de 14 mois, avec une prolongation possible de 2 mois si un avenant de prolongation du projet MAEWA est signé entre L'Europe, l'ANR et le CNRS.

Activités

- Acquisition et traitement de données de métagénomique
- Analyse des données de séquençage : annotation, analyses comparatives, caractérisation fonctionnelle, assemblage de génomes
- Présentation des résultats lors des réunions du projet et à des conférences
- Rédaction et gestion de rapports pour PRIMA
- Rédaction de publications
- Possibilité d’encadrement de stagiaires

Compétences

- Doctorat en écologie microbienne
- De solides compétences en écologie microbienne
- De solides compétences en biologie moléculaire appliquée aux nouvelles technologies de séquençage
- Des compétences en bio-informatique et biostatistique, utilisation de pipelines et cluster de calcul, pour l'analyse de données métagénomiques : assemblage, annotation de gènes, …
- Capacité à travailler dans un groupe de recherche multidisciplinaire
- Personnalité autonome capable de travailler à la fois de manière indépendante et en équipe
- Compétences en communication écrite et orale en anglais

Contexte de travail

La personne recrutée sera basée à l'IPREM (Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie pour l'Environnement et les Matériaux) à l’Université de Pau et des Pays de l'Adour.
L'IPREM est un laboratoire Mixte de Recherche CNRS / UPPA (UMR 5254). L'IPREM regroupe plus de 300 personnes qui s’intéressent au développement de connaissances fondamentales en physico-chimie, chimie analytique et microbiologie, en relation avec des applications concernant la structure du vivant, la gestion de l’environnement et les propriétés fonctionnelles de différentes classes de matériaux. Les membres de l'IPREM en microbiologie ont une longue expérience en écologie microbienne pour la caractérisation de la diversité microbienne dans les écosystèmes naturels et expérimentaux, dans un contexte de changements globaux.
Le projet MAEWA (EU, H2020, Programme PRIMA) regroupe 13 partenaires de différents pays (France, Espagne, Portugal, Croatie, Maroc, Algérie, Tunisie, Egypte et USA) avec lesquels la personne recrutée devra collaborer. Cette collaboration procure un environnement riche en échanges et scientifiquement stimulant.

Contraintes et risques

Possibles déplacements à l'étranger pour les réunions de travail ou campagnes d'échantillonnage.