Missions

Développer un modèle épidémiologique à compartiment et établir des scénarios de simulations à tester pour évaluer l’impact du priming immunitaire des huîtres creuses sur la dynamique de transmission du virus OsHV-1.

Activités

- Développer des modèles épidémiologiques (compartimentaux, individu-centrés, ou spatialisés) pour simuler la dynamique de transmission du virus OsHV-1 chez M. gigas à partir des modèles déjà disponibles.
- Intégrer le priming immunitaire dans les modèles, en tenant compte de son effet sur la susceptibilité, l’infectiosité et la progression de la maladie.
- Analyser les données expérimentales, en collaboration avec les biologistes, pour paramétrer et calibrer les modèles.
- Réaliser des simulations numériques pour explorer différents scénarios d’intervention et évaluer leur impact épidémiologique à différentes échelles (individu, lot, par cet bassin ostréicole).
- Valider et évaluer la robustesse des modèles, y compris via des analyses de sensibilité et d'incertitude.

Compétences

Savoirs / connaissances
- Concepts fondamentaux en épidémiologie des maladies infectieuses.
- Méthodes de modélisation mathématique et computationnelle (compartimentale, individu-centrée, spatiale).
- Statistiques appliquées à l’analyse de données biologiques et épidémiologiques.
- Bases en immunologie, virologie et pathologies des organismes aquatiques serait un plus.
- Langages et outils de programmation scientifique : R, Python, ou équivalent.
- Techniques d'ajustement et de calibration de modèles (ex. MCMC, ABC, optimisation).
- Méthodes d’analyse de sensibilité et d’incertitude.
- Environnement de recherche collaboratif (ex. Git, rédaction scientifique).

Savoir-faire
- Construire, implémenter et analyser des modèles épidémiologiques complexes.
- Adapter les modèles à des jeux de données expérimentales ou de terrain.
- Interpréter les résultats des simulations dans un cadre biologique réaliste.
- Automatiser des chaînes d’analyse et de simulation reproductibles.
- Visualiser des dynamiques spatio-temporelles (cartes, courbes, animations).
- Rédiger des documents techniques et des publications scientifiques.
- Collaborer avec des équipes pluridisciplinaires.
- Présenter des résultats de manière claire à des publics variés (scientifiques, gestionnaires, professionnels).

Savoirs-être
- Rigueur scientifique et esprit critique.
- Autonomie dans l’organisation du travail et la résolution de problèmes.
- Capacité à vulgariser et adapter son discours selon l’audience.
- Esprit d’initiative et force de proposition.
- Goût pour le travail en équipe et la co-construction.
- Adaptabilité face à des projets évolutifs et des données parfois incertaines.

Contexte de travail

Dans le cadre de la lutte contre la maladie virale à herpèsvirus (OsHV-1) affectant les huîtres creuses Magallana gigas, nous cherchons à évaluer l’efficacité d’interventions prophylactiques innovantes et en particulier le priming immunitaire (ou simulation antivirale). L’objectif est de quantifier l’impact de cette approche sur la dynamique de transmission du virus à l’échelle individuelle et populationnelle, en s’appuyant sur des outils de modélisation épidémiologique. Cette évaluation contribuera à mieux orienter les stratégies de gestion sanitaire en conchyliculture

La personne recrutée participera au projet ANR Primoyster. Il/elle sera impliqué(e) dans le Work Package 3, intitulé « Impact du priming immunitaire sur la dynamique des maladies ». La personne recrutée sera principalement basé(e) à La Tremblade (ASIM). Il/elle devra se rendre à Montpellier pour échanger avec les partenaires de l'ANR et de l'IHPE.

Contraintes et risques

Laboratoire expérimental de sécurité microbiologique de niveau 2 avec port obligatoire des équipement de protection.
Travail sur écran.