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Portail > Offres > Offre UMR5244-DIAMER-002 - Post doc H/F en (épi)génomique quantitative Montpellier (34)

Post doc H/F en (épi)génomique quantitative Montpellier (34)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 9 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR5244-DIAMER-002
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 19 juillet 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2700 et 3100 € brut/mois
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Les interactions hôtes pathogènes sont caractérisées par une dynamique co-évolutive au travers de laquelle les deux protagonistes s'infligent mutuellement de fortes pressions sélectives. Parmi les mécanismes en jeu des études récentes ont montré que l'hérédité génétique et épigénétique, devait être prise en compte comme un moteur de la variation phénotypique et donc de la coévolution hôte/pathogène. Crassostrea gigas l'espèce d'huître la plus exploitée dans le monde est confronté depuis 2008 au syndrome de mortalité massive des huîtres du Pacifique (POMS). Cette maladie, devenue panzootique, représente une menace pour l'ostréiculture mondiale mais présente toutes les caractéristique d'un bon modèle pour l'étude des mécanismes d'adaptation rapide à l'émergence de pathogène. En effet, des données récentes mettent en évidence que la résistance des huîtres à OsHV-1 µVar repose sur plusieurs mécanismes moléculaires héréditaires et non-exclusifs, impliquant des bases génétiques et non-génétiques (épigénétiques et microbiote). Les objectifs de ce projet seront donc d'étudier les bases moléculaires de la résistance des huitres au POMS au travers du tryptique génome, épigénome et transcriptome. Les réponses à cet objectif permettront d'une part de fournir des marqueurs de résistance utilisable dans des programmes de sélection assistée par marqueur et d'autre part des données permettant d'enrichir les connaissances sur le rôle de l'hérédité génétique et non-génétique dans l'adaptabilité des espèces à l'émergence de pathogène.

Activités

Etudier les bases moléculaires de la résistance des huitres au POMS au travers de l'étude du tryptique génome, épigénome et transcriptome. Cela nécessitera la réalisation : i) d'expérimentations en milieu contrôlé, ii) d'expérimentations de biologie moléculaire (extraction ADN/ARN construction de banque de séquençage…), iii) le traitement bioinformatique des données de séquence (Filtration, mapping, SNP calling, Methylation calling…), iv) la mise en œuvre d'approches biostatistiques pour l'identification d'association CpG/SNP/DEGs/Phenotypes, v) la présentation des résultats en réunion d'équipe et en congrès, vi) la rédaction d'articles scientifiques.

Compétences

Le/la candidat.e sera titulaire d'un doctorat en Génomique, Génétique, Ecologie moléculaire ou bioinformatique. Il/elle aura de bonnes connaissances en (épi)génomique, génétique quantitative et bio-informatique. Une expérience dans la recherche d'association phénotype/déterminant phénotypique est souhaitée. Impliqué.e dans un consortium multidisciplinaire, le/la candidat.e devra être curieux/curieuse des autres disciplines et avoir de très bonnes capacités de communications orale et écrite en anglais et français.

Contexte de travail

Le/la candidat.e intégrera l'équipe Microévolution des Interactions dans l'Anthropocène (MIA) du laboratoire Interaction Hôtes Pathogènes Environnements (IHPE) du site de Montpellier. Il/elle aura à interagir régulièrement avec les participant.e.s du projet GestInov en interne au sein du laboratoire et en externe avec les partenaires extérieurs.

Contraintes et risques

Des missions de terrains et des déplacements pour des réunions seront à effectuer. La manipulation de produits chimiques et agents biologiques potentiellement dangereux si les bonnes pratiques de laboratoire ne sont pas respectées seront à effectuer.

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