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Portail > Offres > Offre UMR5242-SANHUG-001 - Ingénieur(e) de recherche en bioinformatique (H/F) pour soutien et formation à l'IGFL

Ingénieur(e) de recherche en bioinformatique (H/F) pour soutien et formation à l'IGFL

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 25 juin 2021

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Informations générales

Référence : UMR5242-SANHUG-001
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : vendredi 4 juin 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 15 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2400 à 2800€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

L'ingénieur(e) sera chargé(e) du développement d'outils bioinformatiques et du soutien aux équipes de l'IGFL (soutien aux utilisateurs et formation). Il/elle participera à l'analyse de données issues des nouvelles technologies de séquençage au sein de la plateforme de séquençage NGS de l'IGFL (PSI), et aura des interactions avec l'Equipex+ Spatial-Cell-ID et le CAN de l'UAR Biosciences. Le soutien à l'analyse de données issues de séquençage se fera notamment par une activité de formation. Il/elle participera à des projets multiples en génomique, transcriptomique et épigénomique sur des sujets variés, dans des espèces animales modèles ou non-modèles.

Activités

- Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé et conseiller les utilisateurs pour l'analyse et l'interprétation des données pour des projets de la plateforme PSI
- Soutenir, et si nécessaire assurer en partie, la réalisation de projets d'analyse de données biologiques de l'unité, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse
- Identifier, concevoir et développer les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
- Pérenniser les outils d'analyse en les rendant accessibles aux membres de l'unité, et de façon plus élargie, sur les serveurs et plateformes locales (Galaxy, Nextflow,...). Cette activité sera réalisée en lien avec le réseau bioinformatique se structurant entre les laboratoires de l'ENS de Lyon, le PSMN, l'UAR Biosciences et l'Equipex+ Spatial-Cell-ID.
- Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par les équipes
- Structurer un réseau autour de la bioinformatique au sein de l'unité pour améliorer les interactions des équipes du site concernant les outils d'analyse
- Participer aux activités de formation de la plateforme PSI et développer les axes concernant les principes et la mise en œuvre des techniques d'analyse de données biologiques
- Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales
- Organiser la veille scientifique et technologique

Compétences

- Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (physiologie, évolution, développement) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle.
- Maîtrise et/ou compréhension des outils d'analyse courants pour les données omiques dans toute leur diversité : séquençage à haut débit, notamment single cell, pour la transcriptomique, l'épigénomique, la génomique, la métagénomique, la transcriptomique spatiale...
- Connaissance théorique et pratique en programmation et biostatistique (langages R, bash, python et/ou équivalents)
- Expérience de travail sur clusters de calcul
- Intérêt pour les outils de visualisation modernes (ex: shiny)
- Expérience dans l'utilisation d'outils de traçabilité (ex: NextFlow, snakemake)
- Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données...)
- Travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux, des bioinformaticiens et biostatisticiens
- Aptitude à la gestion de plusieurs projets en parallèle sur des sujets variés et en interaction avec différents interlocuteurs
- Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
- Disposer d'excellentes qualités relationnelles
- Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (Ecole Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 100 personnes et 12 équipes de recherche, utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.

L'ingénieur(e) aura un rôle clé et structurant au sein de l'institut et du site pour soutenir les projets scientifiques des équipes au sein de la plateforme de séquençage de l'IGFL. Très diversifiés, les projets pourront concerner l'analyse quantitative et/ou spatiale de caractères transcriptomiques (e.g. single cell), génomiques, ou des problématiques d'épigénétique, et s'appliqueront à divers organismes modèles (drosophile, poisson zèbre, souris, lignées cellulaires humaines) et non-modèles (insectes semi-aquatiques , crustacés, ...).

L'ingénieur(e) de recherche sera intégré(e) à la plateforme de séquençage de l'IGFL (PSI) qui a une position transversale au sein de l'institut et interagit avec l'ensemble des équipes de l'unité, les autres unités du site, et est partie intégrante du projet Equipex+ Spatial-Cell-ID. PSI réalise ainsi une partie importante des projets de séquençage des équipes, notamment dans les phases exploratoires pour le développement d'approches novatrices et/ou risquées nécessitant des analyses à façon. Outre un support fort aux activités de la plateforme, l'ingénieur(e) permettra de rassembler et fédérer les compétences bioinformatiques de l'unité, à la fois en terme de personnes et en terme de ressources, pour permettre de développer de nouveaux outils pertinents et les rendre accessibles au plus grand nombre. Ainsi, en plus d'un soutien à la réalisation des projets, un des objectifs de l'ingénieur(e) sera d'aider les équipes de biologistes expérimentaux à acquérir des compétences dans l'utilisation d'outils d'analyses par des actions de formation. Enfin, l'ingénieur(e) assurera l'interface et favorisera les échanges de l'institut avec le réseau local de bioinformatique et d'analyses numériques au sein l'UAR Biosciences (CAN), le mésocentre de calcul de l'ENS (PSMN) et le projet Equipex+ Spatial-Cell-ID.
Le CDD de 12 mois pourra être renouvelé deux fois pendant que la direction de l'unité travaille avec les tutelles du laboratoire à la pérennisation du poste sur un support permanent.

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