Ingénieur de recherche (H/F) en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie

Description du Poste

Les Missions

Afin de déterminer comment les mutations aléatoires contribuent à l’évolution de la régulation d’expression des gènes, l’équipe a entrepris la mise au point d’une approche de transcriptomique à haut débit (microcolony RNA-seq) permettant de quantifier les niveaux d’ARNm de milliers de génotypes de levure (S. cerevisiae) dans différents environnements. Vous aurez pour mission de :
1. Réaliser une expérience pilote de microcolony RNA-seq à une échelle intermédiaire (une centaine de génotypes et deux environnements) afin d’évaluer la précision des quantifications d’ARN et d'ajuster au besoin certains paramètres du protocole.
2. Appliquer le protocole final afin de caractériser le transcriptome de ~1200 souches de levures (collections de souches mutantes et sauvages déjà établies) dans 7 environnements (7 milieux de cultures).
3. Assurer la documentation et la transmission du savoir-faire sur la technique de microcolony RNA-seq.
4. Quantifier la valeur adaptative (taux de croissance) des ~1200 souches en environnements stables et en environnements fluctuants afin de déterminer comment la sélection agit sur la régulation d’expression des gènes. Pour cela, une approche de culture des ~1200 souches en compétition et de séquençage de code-barres génomiques (BAR-seq) sera mise en œuvre.

Ces missions s’inscrivent au coeur du projet européen eGRIDE (ERC) dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires – « Quel champ des possibles ? », et d’autre part de la sélection – « Quels bénéfices et coûts de la régulation ? ». Pour cela, des approches novatrices de séquençage d’ARN à haut débit, de cartographie génétique et de mesure de la prolifération cellulaire en environnements dynamiques seront appliquées à un modèle biologique puissant: la levure S. cerevisiae. Les connaissances acquises sur ce système quantitatif très contrôlé permettront de mieux prédire l’évolution de la régulation des gènes, que ce soit lors de l’adaptation des espèces à leurs environnements naturels qui sont dynamiques ou lors de certains processus pathologiques.

L'Activité

Vous serez amené(e) à :
• Finaliser la mise au point du protocole de microcolony RNA-seq qui implique l’encapsulation de cellules de levure dans des billes d’alginate, la culture de microcolonies encapsulées dans différents milieux, le tri des capsules par BioSorter et la préparation de librairies d’ADNc pour l’analyse transcriptomique des microcolonies par NGS.
• Préparer des librairies de microcolony RNA-seq à partir de centaines de génotypes dans différents environnements.
• Réaliser des expériences de compétition et de BAR-seq à partir de populations de cellules génétiquement diverses maintenues en culture par une plateforme robotisée.
• Valider les résultats de microcolony RNA-seq et de BAR-seq par des approches à plus petite échelle focalisées sur des gènes candidats telles que la qPCR et la cytométrie en flux.
• Présenter l’avancée de ces travaux en réunion de laboratoire.
• Participer à la logistique de l’équipe, notamment la gestion des stocks (tâche partagée avec d’autres membres de l’équipe dont le coordinateur du projet).

Votre Profil

Compétences

Savoir :
• Maîtrise indispensable des techniques de base en biologie moléculaire, incluant le clonage, la PCR et qPCR, l'extraction d'acides nucléiques, ainsi que l'électrophorèse.
• Notre laboratoire étant international, une maîtrise solide de l'anglais est essentielle, notamment pour la lecture de protocoles et d'articles de recherche en anglais.

Savoir-faire :
• Expérience de préparation de librairies d’ADNc (RNA-seq) ou autres approches de NGS fortement recommandée.
• Expérience de tri de cellules (FACS) ou grosses particules (BioSorter) très appréciée.
• Expérience en microbiologie, particulièrement en génie génétique et manipulation de S. cerevisiae, souhaitée.
• Compétence avérée pour la rédaction de protocoles et de comptes-rendus d’expériences clairs et précis.

Savoir être :
• Rigueur scientifique, méthodologique et expérimentale.
• Adaptabilité, ingéniosité et persévérance face aux défis techniques.
• Capacité à s’intégrer à une équipe et un laboratoire pour mener à bien un projet de recherche ambitieux.

Votre Environnement de Travail

Le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC) est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Nous combinons des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules.

Situé sur le campus Monod de l'ENS de Lyon, le LBMC réunit ~120 personnes dédiées à la recherche réparties au sein de 17 équipes de recherche. Cette situation avantageuse nous confère un accès privilégié à toutes les ressources et infrastructures nécessaires pour mener à bien nos missions de recherche. Nous bénéficions notamment d'expertise pointue en techniques de séquençage d’ARN ainsi que de l’accès aux plateformes de cytométrie en flux (SFR Biosciences) et de séquençage (IGFL).

Vous travaillerez sous la direction scientifique de Fabien Duveau (chargé de recherche) dans l’équipe « Complexité génétique des systèmes vivants » menée par G. Yvert (directeur de recherche)
(http://www.ens-lyon.fr/LBMC/gisv/index.php/fr/). L’équipe se compose actuellement de deux chercheurs, une ingénieure d’étude permanente, deux ingénieurs de recherche, un doctorant et une stagiaire en dernière année d’école d’ingénieur. Bien que vos activités seront principalement de nature expérimentales, le projet s’inscrit dans un contexte hautement interdisciplinaire impliquant des approches expérimentales, bioinformatiques et statistiques.

Ce recrutement s’inscrit dans le cadre du projet européen eGRIDE financé par l’ERC. Vous rejoindrez donc une équipe en expansion au coeur d’un projet scientifique ambitieux. Vous serez formé(e) par l’ingénieure d’étude qui a développé le protocole de microcolony RNA-seq et serez ensuite amené(e) à jouer un rôle moteur pour le projet.

Rémunération et avantages

Rémunération

A partir de 3175 euros bruts mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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