Missions

Ce contrat post-doctoral repose sur le projet Emergence HisModSim obtenue par Natacha Gillet au Laboratoire de Chimie de l'ENS de Lyon. Il s'intéresse à l'impact de modification post-traductionnelle ou de modification de variant des histones au coeur du nucléosome, l'unité primaire de la chromatine par des simulations de dynamique moléculaire classique tout atome. Le nucléosome est composé d'un fragment d'ADN double brin venant s'enrouler autour d'un coeur protéique constitué de 8 histones. Ces protéines sont très bien conservées au sein du vivant mais peuvent subir des modifications post-traductionnelles pouvant intervenir dans l'activation des gènes, la réplication, la réparation de l'ADN etc. Par ailleurs, des variants d'histones peuvent s'échanger, et être associés à des processus biologiques comme le rythme circadien. L'objectif du projet est de comprendre l'impact à l'échelle moléculaire de ces modifications sur la structure et la dynamique du nucléosome, plus spécifiquement dans le contexte de la formation de lésions oxydatives de l'ADN et de la régulation du rythme circadien en collaboration avec l'IGFL.

Activités

La personne recrutée sera amenée à:
- conduire une campagne de calcul de simulations de dynamique moléculaire classique des nucléosomes modifiés
- analyser le large jeu de donné obtenu par différents outils d'analyses, de la visualisation à l'automatisation par des outils de type machine learning
- mener des calculs QM/MM sur des aspects précis
- se tenir à jour sur la bibliographie tant sur les aspects méthodologiques que de biologie moléculaire
- communiquer les résultats en conférence et par la rédaction d'articles scientifiques

Compétences

La personne recrutée devra avoir une expérience en chimie computationnelle. Une expertise en simulation de dynamique moléculaire classique, de préférence sur les systèmes biologiques, est attendue. Des compétences en programmation et/ou machine learning peuvent être appréciées.

Contexte de travail

Les travaux de recherches seront réalisés au sein de l'axe 1 Chimie théorique et Thermodynamique Moléculaire du Laboratoire de Chimie de l'ENS de Lyon. Cet axe rassemble plusieurs thématiques de chimie théorique et computationnelle (photochimie statique et dynamique, catalyse hétérogènes, modélisations des interfaces et des liquides ioniques). Il bénéficie de l'accès au mésocentre CBPSMN, très bien doté en CPU et en GPU. De plus, une allocation d'heure de calcul sur les centres nationaux (GENCI) est prévue sur ce projet.

Contraintes et risques

Travail sur poste informatique uniquement